В ночь после принятия монашеского пострига он не спал, проводя время в молитве. Она была горячей и искренней, и ничто, казалось, не могло нарушить ее, только вдруг неизвестно откуда взявшимся ветерком колыхнулось пламя свечей и послышался чудный голос: «Когда станешь епископом, построй храм!» «Не обман ли чувств, не вражеское ли прельщение?» — взволновался инок и долго потом не мог прийти в себя…
На монашеском поприще он служит безупречно, порученные дела выполняет блестяще. И очень скоро его посвящают в иеромонахи, назначают казначеем в одном из монастырей, а затем и экономом в Александро-Невской лавре. И тут Софроний на хорошем счету. В Синоде на него не нарадуются, хвалят за усердие, ставят наконец наместником лавры. Семь лет верой и правдой он прослужит на этом поприще. Царица о нем будет столь высокого мнения, что, едва только встанет вопрос о подыскании порядочного и честного епископа на Иркутскую кафедру для трудного служения «среди дикой природы и произвола людского», она сразу вспомнит о «наместнике лавры Софронии».
Полгода он подбирал себе надежных помощников. Специально ездил молиться у мощей киево-печерских угодников. В Москве заручился поддержкой архиепископа Московского Платона, который предупредил его «о своеволии местных властей»…
В Иркутск Софроний прибыл в марте 1754 года и тут же столкнулся с царящими здесь нравами: пьянством, развратом и воровством — болезнями, захватившими и местных священнослужителей. Нужно было срочно принимать какие-то меры, и он начинает объезжать приходы, наставляя и обличая паству. Неисправных священников наказывает необычно. Приближает к себе и возит повсюду, чтобы были на виду, заставляя ежедневно участвовать в службе. И так «до полного исправления».
К тем, кому «наука не шла впрок», Софроний применял и более суровые меры. Сажал на воду и хлеб где-нибудь в отдаленном монастыре, приучая и к ежедневному труду на свежем воздухе.
Не менее чем исправление нравов Софрония заботило просвещение малых народов, прозябающих до того в темноте и невежестве. Миссионеров в то время было немного, и владыке самому приходилось добираться до дальних селений. Учить грамоте, проповедовать, крестить… С помощью наставников, выписанных из Петербурга и Москвы, он учил их и земледелию, и ремеслам, стремясь сделать оседлыми и культурными людьми. Новокрещеным даже предлагал для заселения монастырские земли.
Со временем для многотрудной миссионерской деятельности ему удалось подготовить себе помощников. И каждого из них наставлял действовать терпением и добром: «Светильником любви согревайте мир человеческий, ибо только от любви любовь воспламеняется»
Живя в скудости, все свое жалованье, все поступавшие к нему пожертвования Софроний употреблял на благотворительность. Никого из просящих он не оставлял без помощи. Кого-то пристраивал к монастырской работе, кому-то помогал милостыней, а кого-то устраивал в приюты и богадельни, сам же при этом спал на полу («на кожах») и пищу употреблял «самую простую».
В конце жизни, устав от трудов, Софроний подал прошение об увольнении на покой. Но сколько ни старались, так и не смогли владыке подобрать достойной замены до самой его кончины…
Гроб с его телом поставили в Казанском приделе возведенного им в Иркутске кафедрального собора. Из-за отсутствия необходимых бумаг, которые почему-то все не приходили из Петербурга, Софрония долго не могли предать земле. И все это время тело его пребывало нетленным. А вскоре после погребения у могилы святителя стали совершаться и чудеса исцеления.
К 1918 году их было зарегистрировано более 18 тыс. (!), часть которых была документально подтверждена строжайшей медицинской комиссией.
В апреле 1918 года Поместный Собор Русской Православной Церкви постановил причислить святителя Софрония к лику святых. Соответствующие торжества прошли при стечении многих тысяч верующих и, несмотря на угрозы пришедших к власти большевиков, ничем не были омрачены.
Святителю отче Софроние, моли Бога о нас!