Запрет на зачет сумм излишне уплаченного НДС в счет уплаты недоимки по налогу на доходы физических лиц установлен Департаментом налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России в Письме от 28.09.2005 № 03-02-07/1-246.
Финансисты считают, что зачесть излишне уплаченную сумму НДС в счет уплаты по НДФЛ нельзя. Переплата по одному налогу может быть зачтена в счет уплаты недоимки по другому, только если оба налога зачисляются в один и тот же бюджет. Согласно бюджетной классификации доход от НДС зачисляется в федеральный бюджет, доход же от НДФЛ распределяется между региональными и местными бюджетами. В Письме также сообщается, что в Государственной Думе РФ находится законопроект о внесении изменений в часть первую Налогового кодекса, направленный на совершенствование налогового администрирования. Законопроект предусматривает положение о зачете суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по другим налогам независимо от бюджета, в который зачисляется сумма излишне уплаченного налога (полный текст Письма — в «ЭЖ Досье» № 44)