Специалисты Федеральной налоговой службы в Письме от 11.08.2005 № ММ-6-03/678@ сообщают, что если организация имеет государственную аккредитацию в качестве научной, то ее работы — научно-исследовательские и опытно-конструкторские, — выполняемые по договору, освобождаются от налога на добавленную стоимость. Объем «научных» заработков в общей работе при этом значения не имеет. Важно другое, а именно: освобождаемая от НДС научная деятельность должна относиться к НИОКР обоснованно. Кроме того, налогоплательщик обязан вести раздельный учет операций, освобожденных от НДС, и тех, с которых налог платится (п. 4 ст. 149 НК РФ).
Чиновники обращают внимание налогоплательщиков на то, что первоначальным условием при получении льготы по налогу на добавленную стоимость будет являться получение госаккредитации, но на нее могут рассчитывать только те организации, у которых за последние три года не менее 70 процентов всей деятельности было посвящено науке. Срок действия аккредитации, то есть время, когда можно экономить на НДС, составит три года.