Управление Федеральной налоговой службы по г. Москве в Письме от 26.08.2005 № 19-11/60622 разъясняет порядок уплаты НДС при аренде федерального (муниципального) имущества. В документе говорится, что если федеральное имущество сдают в аренду органы власти и управления, то рассчитать сумму налога и уплатить ее в бюджет должен коммерсант. При этом база по НДС определяется как сумма арендной платы с учетом налога.
Однако если договор аренды заключен с балансодержателем, не относящимся к органам государственной власти или местного самоуправления, то налог платит учреждение, на балансе которого стоит это имущество, вне зависимости от того, куда перечисляется арендная плата: на счет балансодержателя или непосредственно органам власти. Если
же заключается трехсторонний договор — помимо балансодержателя договариваться приходится и с органами власти или местного самоуправления, — то НДС платит арендатор. Следовательно, сумма налога включается в арендную плату.