Если организация прекратила вести деятельность, облагаемую ЕНВД, и перешла на общий режим, то НДС, ранее включенный в первоначальную стоимость основных средств, к вычету принять нельзя (Письмо Минфина РФ от 7 февраля 2005 г. № 03-04-11/19).
Организации на ЕНВД ведут учет основных средств в порядке, предусмотренном законодательством о бухучете. Следовательно, они должны руководствоваться ПБУ 6/01, в п. 8которого указано, что невозмещаемые налоги, уплачиваемые при приобретении основного средства, формируют его первоначальную стоимость. Статья 171 НК РФ устанавливает, что вычетам подлежат суммы налога, уплаченные по основным средствам, приобретенным для осуществления операций, облагаемых НДС. Пользователи же ЕНВД плательщиками НДС не являются (п. 4 ст. 346.26 НК РФ). Они включают сумму НДС в стоимость приобретенного имущества.
Согласно п. 14 ПБУ 6/01 стоимость основных средств, по которой они приняты к бухучету, не подлежит изменениям, кроме случаев достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации, частичной ликвидации и переоценки ОС (для целей налогового учета также и при техническом перевооружении — ст. 257 НК РФ). Бухгалтерское законодательство просто не предусматривает возможности изменить первоначальную стоимость ОС в зависимости оттого, приобретено ли оно для облагаемых или не облагаемых НДС операций. Поэтому первоначальная стоимость ОС, используемого для операций по реализации товаров, облагаемых ЕНВД, и в дальнейшем используемого для операций на общем режиме, изменена быть не может. Кстати, глава 21 НК РФ также не содержит механизма пересчета НДС в подобной ситуации.