13 апреля 2005 года Госдума во втором чтении приняла поправки в ст. 346.9 НК РФ. Теперь плательщики ЕСХН обязаны уплачивать авансовые платежи не позднее 25 дней со дня окончания отчетного периода. Законопроект также уточняет п. 5 ст. 346.9 НК РФ, согласно которому налог уплачивается в срок, установленный для подачи деклараций.
Данная поправка связана с тем, что в действующей редакции Кодекса срок уплаты ЕСХН устанавливается только для организаций. Четкого определения, когда должны уплачивать налог индивидуальные предприниматели, в Кодексе нет. Принятая поправка устраняет этот пробел в законодательстве: индивидуальные предприниматели должны будут уплачивать ЕСХН не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом.