Минфин России в письме от 19.09.2013 № 03-07-07/38909 высказал свою позицию по вопросу применения налоговых вычетов по НДС, когда при реализации товаров (работ, услуг), поименованных в п. 3 ст. 149 НК РФ, компания выставляет счета-фактуры с НДС, но заявление об отказе от льготы не подавала. В этом случае организация не сможет принять к вычету «входной» НДС.
В пункте 3 ст. 149 НК РФ перечислены операции, которые освобождены от обложения НДС. В случае их осуществления первичные документы оформляются без выделения суммы налога, а в счете-фактуре делается надпись или ставится штамп «Без налога (НДС)» (п. 5 ст. 168 НК РФ).
Но налогоплательщик имеет право отказаться от льготы. Для этого он должен представить в налоговый орган соответствующее заявление в срок не позднее первого числа квартала, с которого он намерен отказаться от освобождения или приостановить его использование (п. 5 ст. 149 НК РФ).
В комментируемом письме Минфин России разъяснил, что если заявление об отказе представлено, реализация товаров (работ, услуг) производится по ставкам НДС в размере 18 (10)% или 0%. А суммы налога по товарам (работам, услугам), приобретенным для осуществления таких операций, принимаются к вычету в общем порядке.
Если же заявление представлено не было, операции по реализации товаров (работ, услуг), перечисленные в п. 3 ст. 149 НК РФ, подлежат освобождению от обложения НДС. Но если по данным операциям будет выставлен счет-фактура с выделенной суммой НДС, этот налог нужно будет заплатить в бюджет (подп. 2 п. 5 ст. 173 НК РФ). А вот НДС, предъявленный поставщиками товаров (работ, услуг), к вычету не принимается. Заметим, что аналогичной позиции придерживаются и налоговики (письмо ФНС России от 26.08.2010 № ШС-37-3/10064).
У судов единого мнения на этот счет нет. Так, некоторые суды считают, что если налогоплательщик, не подав заявление, выставляет счета-фактуры с выделенной суммой НДС, он вправе принять «входной» налог к вычету. Аргументируют они свою позицию тем, что выставление счетов-фактур с выделенной суммой НДС означает, что налогоплательщик фактически отказался от использования льготы. Отказ от льготы носит уведомительный характер. Форма такого отказа не установлена. Следовательно, подачу декларации, в которой операции, предусмотренные п. 3 ст. 149 НК РФ, отражены в составе налогооблагаемых, можно рассматривать как форму уведомления налогового органа о фактическом отказе от льготы. Поэтому вычет правомерен (постановления ФАС Поволжского округа от 26.10.2012 № А55-1577/2012, Уральского округа от 09.09.2009 № Ф09-6715/09-С2).
Другие суды поддерживают позицию финансистов, считая, что выставление счетов-фактур с НДС не свидетельствует о том, что налогоплательщик отказался от освобождения. Налоговым кодексом предусмотрен способ отказа от льготы путем подачи заявления. Поэтому если налогоплательщик не оформил свой отказ таким способом, право на налоговый вычет у него не возникает (постановления ФАС Западно-Сибирского округа от 20.02.2012 № А27-6073/2011, Волго-Вятского округа от 09.02.2012 № А79-2511/2011).
Таким образом, ввиду отсутствия единого мнения у судов, придерживаться точки зрения, альтернативной минфиновской, весьма рискованно.