ВАС РФ в Решении от 23.10.06 № 10652/06 установил, что случаи, при которых принятые к вычету налогоплательщиком суммы НДС подлежат восстановлению, установлены в п. 3 ст. 170 НК РФ. Недостача товара, обнаруженная в процессе инвентаризации имущества, или его хищение к их числу не относится.
Однако Минфин РФ с таким выводом не согласен. В Письме от 01.11.2007 № 03-07-15/175 чиновники заявили, что выбытие имущества по причинам, не связанным с реализацией или безвозмездной передачей (например, в связи с потерей, порчей, боем, хищением, стихийным бедствием и др.), на основании норм ст. 39 и 146 НК РФ объектом обложения НДС не является. В отношении вычетов НДС по данному имуществу следует учитывать, что согласно п. 2 ст. 171 НК РФ суммы этого налога подлежат вычету в случае приобретения товаров (работ, услуг) для операций, признаваемых объектом налогообложения.
Таким образом, суммы налога, ранее правомерно принятые к вычету по указанному имуществу, необходимо восстановить.
Далее идут рассуждения о том, каким образом следует это делать.
Из Письма финансового ведомства можно сделать вывод о том, что оно по-прежнему готово расставаться с НДС только через суд. Что же касается налоговых органов, то они сейчас стали ориентироваться не на письма Минфина РФ, а на арбитражную практику. Ведь проигрыши споров в судах теперь бьют по карману налоговые инспекции.