Бурный рост товарооборота, составивший в 2006 году 29%, а за 9 месяцев 2007 года — 20%, стал проблемой для таможенной реформы в России.
По словам главы ФТС Андрея Бельянинова, даже пункты пропуска, функционирующие по постоянной схеме, работают с превышением мощностей в 2—2,5 раза. Уже несколько лет многокилометровые вереницы грузовиков у пограничных пунктов пропуска возмущают граждан — простых водителей, экспедиторов, участников внешнеэкономической деятельности. Наиболее загруженные переходы на границе: Бурачки, Убылинка (граница с Латвией), Торфяновка, Брусничное (граница с Финляндией), Ивангород (граница с Эстонией).
12 стран ЕС вместе с ФТС разрабатывают единую систему обмена таможенной информацией on-line. Ее реализация к 1 января 2009 г. минимизирует время выполнения формальностей на границе и позволит более эффективно бороться с подделкой транспортных документов и фальсификацией товаров.
ФТС добивается предварительной информации о товарах и от участников ВЭД и для этого активно осваивает электронное декларирование и внедряется в Интернет.
Актуально стоит вопрос дифференциации участников ВЭД по степени законопослушности. Таможенники и раньше определяли, кому можно доверять и предоставлять возможность проходить упрощенную процедуру таможенного оформления, кого надо проверять тщательнее, а кому устраивать проверку по полной программе. Теперь это направление таможенной деятельности скорее всего станет одним из приоритетных. А. Бельянинов уверен, что в условиях растущего товарооборота эффективность таможенных технологий будет зависеть от того, как таможенные органы смогут определить области и степени рисков.