Да, доначисление налогов по общей системе налогообложения за 2007—2009 гг. является правомерным. Объясним почему.
Сельскохозяйственные производители, признаваемые таковыми в целях главы 26.1 НК РФ, считаются утратившими право на применение ЕСХН, если доля дохода, полученного от реализации произведенной сельскохозяйственной продукции, в общем доходе от реализации товаров (работ, услуг) по итогам налогового периода составляет менее 70% (п. 4 ст. 346.3 НК РФ). При этом право на применение ЕСХН утрачивается с начала календарного года, в котором было допущено нарушение установленных законодательством условий. Такой плательщик считается перешедшим на общий режим налогообложения.
Одновременно с утратой права на применение ЕСХН у организации возникает обязанность в течение одного месяца после года, в котором утрачено право на уплату ЕСХН, произвести перерасчет налоговых обязательств (НДС, налога на прибыль и налога на имущество) за весь налоговый период в порядке, установленном для вновь созданной организации.
Следовательно, в рассматриваемой ситуации сельскохозяйственный производитель утратил право на применение ЕСХН с 1 января 2007 г.
Значит, доначисление налогов в соответствии с общей системой налогообложения за 2007 г. правомерно.
Поскольку право на применение ЕСХН в 2007 г. утрачено и организация перешла на общий режим налогообложения, вновь перейти на уплату ЕСХН налогоплательщик может не ранее чем через один год после того, как было утрачено право на применение ЕСХН. Об этом говорится в п. 7 ст. 346.3 НК РФ.
Учитывая изложенное, в данном случае организация в 2008 г. должна была уплачивать налоги по общей системе налогообложения, а вновь смогла бы вернуться на ЕСХН не ранее 2009 г. при соблюдении условий, установленных главой 26.1 НК РФ. Подтверждение этому можно найти в письме Минфина России от 22.10.2008 № 03-11-04/1/22.
Для перехода на уплату ЕСХН сельхозтоваропроизводители должны в сроки, установленные п. 1 ст. 346.3 НК РФ, подать в налоговый орган по месту своего учета соответствующее заявление.
В заявлении о переходе указываются данные о доле дохода от реализации произведенной сельскохозяйственной продукции в общем доходе от реализации товаров (работ, услуг), полученном по итогам календарного года, предшествующего году, в котором организация подает заявление о переходе на уплату ЕСХН. При этом доля сельскохозяйственной продукции в общем объеме дохода от реализации должна быть не менее 70%.
Следовательно, в рассматриваемой ситуации для перехода вновь на уплату ЕСХН с 2009 г. организация должна была в срок с 20 октября по 20 декабря 2008 г. подать заявление с указанием в нем доли дохода от реализации сельскохозяйственной продукции в общем доходе по итогам 2007 г. Поскольку по итогам 2007 г. указанная доля составила менее 70%, организация не имела права с начала 2009 г. применять ЕСХН.