Выбытие имущества по причинам, не связанным с реализацией или безвозмездной передачей (например, в связи с потерей, порчей, боем, хищением, стихийным бедствием), на основании ст. 146 НК РФ объектом обложения НДС не является. В отношении вычетов налога по данному имуществу следует учитывать, что согласно п. 2 ст. 171 НК РФ суммы НДС подлежат вычету в случае приобретения товаров (работ, услуг) для операций, признаваемых объектом налогообложения.
По мнению Минфина, приведенному в Письме от 01.11.2007 N 03-07-15/175, суммы НДС, ранее правомерно принятые к вычету по указанному имуществу, необходимо восстановить. Причем в том налоговом периоде, в котором недостающее имущество списывается с учета в установленном порядке. По амортизируемому имуществу восстановлению подлежат суммы налога в размере суммы, пропорциональной остаточной (балансовой) стоимости имущества без учета переоценки.
Судебная практика по данному вопросу придерживается иной точки зрения. Так, ВАС РФ в своем Решении от 23.10.2006 N 10652/06 пришел к выводам, согласно которым п. 3 ст. 170 НК РФ предусматривает случаи, когда суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению. Недостача, обнаруженная в процессе инвентаризации имущества, или имевшее место хищение к числу случаев, перечисленных в п. 3 ст. 170 НК РФ, не относятся. Таким образом, в подобных ситуациях восстанавливать НДС, ранее принятый к вычету, оснований нет. Подобные выводы содержат Постановления ФАС Дальневосточного округа от 20.02.2008 N Ф03-А73/08-2/180, ФАС Поволжского округа от 29.01.2008 N А55-1226/2007-31, ФАС Волго-Вятского округа от 28.04.2008 N А82-15724/2004-37, ФАС Северо-Кавказского округа от 21.07.2008 N Ф08-3770/2008 по делу N А32-4510/2007-19/114, ФАС Центрального округа от 31.03.2008 по делу N А-62-3848/2007.
Иными словами, если организация решит воспользоваться аргументами приведенной арбитражной практики и не восстанавливать НДС по похищенному (пропавшему) имуществу, следует быть готовым к претензиям со стороны налоговых органов и, как следствие, к судебным разбирательствам.