Сумма НДС, подлежащая перечислению в бюджет по операциям реализации (передачи) товаров, выполнения работ, оказания услуг, в том числе для собственных нужд, на территории Российской Федерации уплачивается по месту учета налогоплательщика. Эта сумма не распределяется по обособленным подразделениям.
Таким образом, независимо от того, сколько обособленных подразделений есть у организации, выделены они на отдельный баланс или нет, реализуют ли самостоятельно товары (работы, услуги), обязанность уплачивать НДС в полном объеме лежит на самой организации.
Декларация по НДС, в которой отражаются сведения обо всех операциях, являющихся объектом налогообложения, а также о суммах вычетов в целом по организации (включая данные обособленных подразделений), представляется только по месту нахождения организации (головного офиса).
Обособленные подразделения могут самостоятельно оформлять счета-фактуры от имени организации. При заполнении счетов-фактур по товарам, реализованным подразделениями, в строке 2б «ИНН/КПП продавца» указывается КПП соответствующего подразделения (письма Минфина России от 20.04.2007 № 03-07-11/114 и 04.05.2006 № 03-04-09/08).