В отношении обособленных подразделений возможны все виды налоговых проверок. Но есть свои особенности.
Так, камеральная проверка обособленного подразделения проводится только в отношении налогов, отчетность по которым сдается по месту нахождения такого подразделения. В ходе проверки налоговики могут направить подразделению требования о представлении документов (информации) и необходимых пояснений/внесении соответствующих исправлений.
Выездные проверки в отношении обособленного подразделения бывают двух видов: самостоятельная проверка обособленного подразделения и проверка в рамках проверки организации.
Самостоятельную проверку проводят сотрудники ИФНС по месту нахождения обособленного подразделения независимо от того, проводится ли проверка самой организации (абз. 3 п. 2 и абз. 1 п. 7 ст. 89 НК РФ).
Имейте в виду, что по закону налоговики могут проводить самостоятельную выездную налоговую проверку только филиалов или представительств, а не любых обособленных подразделений (абз. 1 п. 7 ст. 89 НК РФ, письма Минфина России от 31.07.2008 № 03-02-07/1-327 и от 16.11.2006 № 03-02-07/1-324 и постановление Тринадцатого арбитражного апелляционного суда от 04.03.2009 № А21-5116/2008). Хотя на практике налоговики иногда инициируют самостоятельные проверки обособленных подразделений, зарегистрированных на их территории и не являющихся ни филиалами, ни представительствами. И находят поддержку в судах (постановления ФАС Северо-Кавказско-го округа от 11.08.2008 № Ф08-4572/2008, Северо-Западного округа от 10.08.2007 № А42-12847/2005, от 10.12.2007 № А05-7002/2006-34, от 10.05.2006 № А42-80/2005-5 и от 03.04.2006 № А42-1916/2005-5).
В филиалах и представительствах инспекторы могут проверять только правильность исчисления и своевременность уплаты региональных и местных налогов: налога на имущество, налога на игорный бизнес, транспортного и земельного налогов.
Срок и количество таких проверок ограниченны (п. 7 ст. 89 НК РФ):
— возможна только одна проверка по одним и тем же налогам за один и тот же период;
— не может быть более двух проверок в течение года. Исключением являются случаи, когда проверка проводится либо в связи с реорганизацией/ликвидацией организации, либо вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью нижестоящей ИФНС, проводившей первоначальную проверку;
— проверка не может длиться больше месяца.
Решение ИФНС о взыскании налога, пеней и санкций выносится только в отношении самой организации. Такое решение, вынесенное в отношении филиала или представительства, можно оспорить (п. 1 ст. 107 и п. 2 ст. 11 НК РФ, постановление Президиума ВАС РФ от 03.04.2007 № 13617/05).
Проверку обособленного подразделения в рамках проверки организации проводят сотрудники налогового органа по месту нахождения самой организации.
Налоговики могут увеличить сроки проверки (п. 6 ст. 89 НК РФ и подп. 4 п. 3 Оснований и порядка продления срока проведения выездной налоговой проверки, утвержденных приказом ФНС России от 25.12.2006 № САЭ-3-06/892@). Срок продления зависит от количества подразделений и других обстоятельств.
Так, если у организации менее четырех обособленных подразделений, проверку могут продлить до четырех месяцев, но только при наличии определенных условии. А именно: доля уплачиваемых налогов, приходящаяся на эти подразделения, составляет не менее 50% от общей суммы налогов, уплачиваемых организацией, и (или) удельный вес имущества на балансе подразделений составляет не менее 50% от общей стоимости имущества организации.
Если у организации четыре и более обособленных подразделения, проверку могут продлить до четырех месяцев безо всяких условий.
В ситуации, когда обособленных подразделений десять и более, проверка может быть продлена до шести месяцев.
Отметим, что все документы налоговиков, сопровождающие такую проверку, должны вручаться или направляться только по месту нахождения самой организации. Параллельно может быть организована и самостоятельная проверка подразделения по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов (абз. 3 п. 2 и абз. 1 п. 7 ст. 89 НК РФ). Ее будет проводить ИФНС по месту нахождения обособленного подразделения.