Декларация представляется в инспекцию по месту учета налогоплательщика (п. 3 ст. 80 НК РФ). Значит, инспекция, в которой организация не состоит на налоговом учете, вправе отказать в приеме декларации. Это закреплено и в Административном регламенте ФНС России по бесплатному информированию налогоплательщиков, утвержденном приказом Минфина России от 18.01.2008 № 9н. Из пунктов 133 и 136 данного документа следует, что налоговики могут не принять отчетность, если она подана в инспекцию, в компетенцию которой ее прием не входит.
Компания снимается с налогового учета в прежней инспекции не позднее рабочего дня, следующего за днем внесения в ЕГРЮЛ соответствующей записи, а в течение трех рабочих дней после этого учетное дело организации пересылается в новую инспекцию. Датой постановки на учет в новом налоговом органе также является дата внесения в ЕГРЮЛ записи об изменении места нахождения организации (п. 3.6—3.6.3 Порядка, утвержденного приказом МНС России от 03.03.2004 № БГ-3-09/178).
Из вопроса не ясно, декларация сдана вовремя или с нарушением установленных сроков. Если вы не успели своевременно представить декларацию в инспекцию по новому месту учета компании, привлечение к ответственности по ст. 119 НК РФ, на наш взгляд, правомерно. В этой ситуации можно настаивать только на том, что уточненка на самом деле является первичной декларацией. Отказать в приеме декларации на том основании, что в графе «Вид документа» проставлен код корректирующего, а не первичного отчета, налоговики не имели права (см. постановления ФАС Поволжского округа от 14.02.2011 № А55-10400/2010 и Северо-Кавказского округа от 16.10.2007 № А32-4749/2007-4/172 (Определением ВАС РФ от 22.02.2008 № 1774/08 отказано в передаче дела в Президиум ВАС РФ)).
Однако у вас декларацию приняла инспекция по прежнему месту учета, нарушив при этом принцип подведомственности. Полагаем, что направление вам квитанции о приеме декларации, а не уведомления об отказе в принятии отчетности — просто ошибка инспектора. Но это уже проблема фискалов: они могли бы отправить декларацию по принадлежности. И вам эта ошибка в случае привлечения к ответственности за несвоевременное представление декларации дает реальные шансы оспорить решение инспекции в вышестоящем налоговом органе или суде. Ведь у вас имеются и подтверждение факта отправки декларации, и квитанция о ее приеме инспекцией.