Начнем с того, что доходы, полученные при продаже имущества, в том числе недвижимого, находившегося в собственности физического лица три года и более, признаются не подлежащими налогообложению (п. 17.1 ст. 217 НК РФ). Это положение введено в Налоговый кодекс Федеральным законом от 19.07.2009 № 202-ФЗ и распространяется на правоотношения, возникшие с 1 января 2009 г. Поэтому говорить о получении имущественного вычета при продаже квартиры, находившейся в собственности три года и более, сейчас уже некорректно: такие доходы просто не облагаются НДФЛ и при их получении не нужно подавать декларацию в налоговую инспекцию. А вот при продаже недвижимости, находившейся в собственности менее трех лет, предоставляется имущественный вычет в размере 1 млн руб. (подп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ).
Право гражданина на получение вычета при продаже имущества (освобождение полученных доходов от налогообложения) не зависит от факта использования вычета на приобретение жилья. То есть при продаже квартиры гражданин вправе получить вычет (если квартира находилась в его собственности менее трех лет) или освобождение от налогообложения (если квартира находилась в собственности три года и более) и одновременно продолжать использовать вычет на приобретение жилья, предоставленный в отношении того же объекта недвижимости.
Налоговое законодательство связывает право на получение имущественного вычета при приобретении жилья лишь с самим фактом покупки имущества и несением соответствующих расходов. Возможность использования вычета не зависит от дальнейшей судьбы недвижимости (за исключением случая, когда недвижимость продается и покупается в рамках осуществления предпринимательской деятельности) и от периода нахождения ее в собственности гражданина в том числе. На это неоднократно указывали и финансисты, и налоговики (см., например, письма Минфина России от 18.02.2009 № 03-04-05-01/65, ФНС России от 25.03.2008 № 04-2-02/1052@ и УФНС России по г. Москве от 10.03.2011 № 20-14/4/21882@). Сказанное справедливо и для случая, когда физическое лицо покупает квартиру, а затем продает ее в течение одного налогового периода (календарного года) (письмо Минфина России от 29.04.2010 № 03-04-05/9-239). Это логично, ведь государство обезопасило себя от махинаций, предусмотрев однократность предоставления вычета на приобретение жилья (абз. 27 подп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ). Сколько бы вы квартир ни купили и что бы с ними потом ни сделали, вычет, предусмотренный подп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ, сможете получить лишь единожды.
Соответственно право на использование остатка вычета в течение последующих налоговых периодов не прекращается после продажи квартиры. Вычет предоставляется до полного погашения, даже если гражданин уже не будет собственником жилья (письмо Минфина России от 18.02.2009 № 03-04-05-01/66).