Минимальный налог, уплата которого предусмотрена п. 6 ст. 346.18 НК РФ, является способом расчета налога, уплачиваемого в связи с применением УСН (постановление ФАС Уральского округа от 02.06.2009 № Ф09-3456/09-С2).
Как указано в постановлении ФАС Уральского округа от 16.03.2009 № Ф09-1207/09-С3, денежные средства считаются зачисленными в доход соответствующего бюджета с момента совершения банком России или кредитной организацией операции по зачислению (учету) денежных средств на счет территориального органа Федерального казначейства (ч. 2 ст. 40 Бюджетного кодекса РФ). Зачисление «упрощенного» налога на счет территориального органа Федерального казначейства с последующим распределением по различным КБК не влияет на возможность проведения зачетов.
Таким образом, можно констатировать, что зачет налога, уплаченного по итогам налогового периода, в счет уплаты минимального также возможен. Даже несмотря на то что минимальный налог уплачивают на другой КБК (постановление ФАС Московского округа от 20.10.2010 № КА-А41/10444-10).
Прямого ответа на вопрос о правомерности начисления пеней в вашем случае НК РФ не содержит. На наш взгляд, начисление пеней на сумму несвоевременно уплаченного минимального налога необоснованно. Поясним.
Пени являются способом обеспечения исполнения обязанности по уплате налога. Они начисляются за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налога или сбора (ст. 75 НК РФ). Как следует из текста вопроса, предприниматель уплатил налог вовремя. Поэтому говорить о неисполнении обязанности по уплате налога нельзя.
Данная позиция подтверждается и судебной практикой. Так, в постановлении ФАС Уральского округа от 02.06.2009 № Ф09-3456/09-С2 сказано, что в подобной ситуации исключается вероятность начисления пеней. В данном споре рассмотрена обратная ситуация, то есть переплата была по минимальному налогу, а недоплата по обычному. Но считаем, что выводы, сделанные судом, равнозначно можно применить к обеим ситуациям.
Таким образом, действия налогового органа по начислению пеней неправомерны.