Пунктом 1 ст. 171 НК РФ установлено, что налогоплательщик имеет право уменьшить общую сумму НДС, исчисленную в соответствии со ст. 166 НК РФ, на установленные главой 21 НК РФ налоговые вычеты. Согласно п. 1 ст. 172 НК РФ вычетам подлежат только суммы НДС, фактически уплаченные налогоплательщиками при ввозе товаров на таможенную территорию РФ, после принятия на учет указанных товаров (работ, услуг) с учетом особенностей, предусмотренных данной статьей, и при наличии соответствующих первичных документов.
Основанием для принятия предъявленных сумм НДС к вычету или возмещению согласно п. 1 ст. 169 НК РФ служит счет-фактура. При ввозе товаров на таможенную территорию РФ вместо счетов-фактур основанием для принятия к вычету сумм налога являются таможенная декларация на ввозимые товары и платежные документы, подтверждающие фактическую уплату НДС таможенному органу.
Также в соответствии с п. 10 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, Книг покупок и Книг продаж при расчетах по НДС, утвержденных Постановлением Правительства РФ от02.12.2000 № 914, при ввозе товаров на таможенную территорию РФ в Книге покупок регистрируются таможенная декларация на ввозимые товары и платежные документы, подтверждающие фактическую уплату таможенному органу НДС.
Таким образом, основанием для вычета НДС является ГТД и платежные документы, подтверждающие фактическую уплату налога. Следовательно, к вычету принимается сумма, уплаченная на основании этих документов.