Минимальный налог исчисляется и уплачивается в порядке, установленном п. 6 ст. 346.18 НК РФ. Согласно этому пункту минимальный налог уплачивается в случае, если за налоговый период сумма исчисленного в общем порядке налога меньше суммы исчисленного минимального налога.
Обязанность заплатить минимальный налог возникает и в случае, если по итогам налогового периода налогоплательщиком получен убыток и сумма налога, исчисленного в общем порядке, равна нулю (см., например, письмо Минфина России от 20.06.2011 № 03-11-11/157).
При этом п. 6 ст. 346.18 НК РФ налогоплательщику предоставлено право в следующие налоговые периоды включить сумму разницы между суммой уплаченного минимального налога и суммой налога, исчисленной в общем порядке, в расходы при исчислении налоговой базы, в том числе увеличить сумму убытков, которые могут быть перенесены на будущее в соответствии с положениями п. 7 ст. 346.18 НК РФ.
Обращаем внимание, что в данной норме речь идет о включении указанной разницы в расходы только при исчислении налоговой базы по итогам налоговых периодов. Включение таких разниц в расходы за какой-либо отчетный период главой 26.2 НК РФ не предусмотрено (письма Минфина России от 15.06.2010 № 03-11-06/2/92 и от 30.09.2005 № 03-11-04/2/93).
Таким образом, в вашей ситуации при исчислении налоговой базы за 2012 г. в расходы можно включить разницу между минимальным налогом, уплаченным по итогам 2011 г., и налогом, исчисленным за этот же период в общем порядке.
Если по итогам 2011 г. был получен убыток (и соответственно сумма налога, исчисленного в общем порядке, была равна нулю), в расходы можно включить всю сумму уплаченного минимального налога. Разницу между минимальным налогом, который, как вы полагаете, будет уплачен по итогам 2012 г., и налогом, исчисленным за этот же период в общем порядке, можно будет включить в расходы только при определении налоговой базы за 2013 г.