Реализация медицинских товаров отечественного и зарубежного производства по перечню, утверждаемому Правительством РФ, не подлежит налогообложению (подп. 1 п. 2 ст. 149 НК РФ).
Если налогоплательщиком осуществляются операции, как подлежащие налогообложению, так и освобождаемые от НДС, то он обязан вести раздельный учет таких операций (п. 4 ст. 149 НК РФ).
При отсутствии раздельного учета сумма "входного" НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) вычету не подлежит и в расходы, принимаемые к вычету при исчислении налога на прибыль организаций, не включается.
В пункте 4 ст. 170 НК РФ указано, что суммы "входного" НДС, предъявленные продавцами товаров (работ, услуг), имущественных прав налогоплательщикам, осуществляющим как облагаемые налогом, так и освобождаемые от НДС операции:
- учитываются в стоимости таких товаров (работ, услуг), имущественных прав в соответствии с п. 2 ст. 170 НК РФ - по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, используемым для осуществления операций, не облагаемых НДС;
- принимаются к вычету согласно ст. 172 НК РФ - по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, используемым для осуществления операций, облагаемых НДС;
- принимаются к вычету либо учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они используются для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат обложению НДС (освобождаются от налогообложения), - по товарам (работам, услугам), имущественным правам, используемым для осуществления как облагаемых, так и не подлежащих обложению НДС (освобожденных от налогообложения) операций, в порядке, установленном принятой налогоплательщиком учетной политикой для целей налогообложения.
Указанная пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат обложению НДС (освобождены от налогообложения), в общей стоимости товаров (работ, услуг), имущественных прав, отгруженных за налоговый период.
Здесь следует отметить, что в п. 4 ст. 170 НК РФ не уточняется порядок определения стоимости отгруженных товаров (работ, услуг): с учетом НДС или без. По мнению представителей налоговых органов, для расчета пропорции следует принимать показатель выручки от реализации товаров (работ, услуг) без учета НДС, что обеспечит сопоставимость используемых показателей в части деятельности, облагаемой НДС, и деятельности, не облагаемой этим налогом (см. письмо МНС России от 13.05.2004 N 03-1-08/1191/15@). Правда, в самом НК РФ такого требования нет, однако включение НДС в сумму выручки при расчете пропорции в соответствии с п. 4 ст. 170 НК РФ приведет к спору с представителями налоговых органов.
Порядок ведения раздельного учета затрат устанавливается налогоплательщиком в учетной политике организации для целей налогообложения. Раздельный учет сумм НДС должен быть организован таким образом, чтобы обеспечить возможность контролировать обоснованность применения налогоплательщиком налоговых вычетов по НДС, предъявленному налогоплательщику и уплаченному им при приобретении товаров (работ, услуг), а также имущественных прав, используемых при производстве и реализации продукции.
Отметим, что налогоплательщик имеет право не применять положения п. 4 ст. 170 НК РФ к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на производство товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат обложению НДС, не превышает 5% общей величины совокупных расходов на производство.
При этом все суммы НДС, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами используемых в производстве товаров (работ, услуг), имущественных прав в указанном налоговом периоде, подлежат вычету в соответствии с порядком, предусмотренным ст. 172 НК РФ.
Поскольку в НК РФ предусмотрено право, а не обязанность применять данное положение, это право следует оговорить в учетной политике организации для целей налогообложения. Если организация приняла решение о применении 5%-ного барьера, то производится расчет для подтверждения правомерности принятия НДС к вычету в полном объеме. В противном случае считается, что у налогоплательщика отсутствует раздельный учет. Так как порядок определения доли совокупных расходов НК РФ прямо не определен, его следует закрепить в учетной политике для целей налогообложения.
Если организация "не вписывается" в 5%-ный лимит, "входящий" НДС, указанный в счете-фактуре, выставленном за аренду указанных в вопросе помещений, необходимо делить в процентном отношении на объем реализованного товара с НДС 18% и без НДС и долю, приходящуюся на товар без НДС, к возмещению не принимать, а включать в расходы вместе со стоимостью арендной платы.