Подпункт 2 п. 1 ст. 220НК РФ закрепляет за плательщиком налога на доходы физических лиц право на получение имущественного налогового вычета в сумме, израсходованной им на новое строительство либо приобретение на территории России жилого дома, квартиры или доли (долей) в них. Вычет предоставляется в размере фактически произведенных расходов, а также в сумме, направленной на погашение процентов по целевым займам(кредитам), полученным от кредитных и иных организаций РФ и фактически израсходованным налогоплательщиком на новое строительство либо приобретение на территории РФ жилого дома, квартиры или доли (долей) в них.
Повторное предоставление имущественного налогового вычета, предусмотренного подп. 2 п. 1ст. 220 НК РФ, не допускается. Данное правило применяется независимо от того, будет ли жить в приобретаемой квартире сам собственник или другое лицо.
Предоставление налогоплательщику вычета за две квартиры явилось бы нарушением запрета повторного предоставления вычета.
Таким образом, вы вправе воспользоваться имущественным налоговым вычетом при покупке только одной из квартир.