Ответ на ваш вопрос будет зависеть от того, как оформлена передача денежных средств. Объясним подробнее.
По общему правилу доходы в виде безвозмездно полученного имущества, работ, услуг, имущественных прав признаются внереализационными доходами. Основание — п. 8 ст. 250 НК РФ. Но из этого правила есть исключение. Не учитываются в составе внереализационных доходов поступления, перечисленные в ст. 251 НК РФ. В этой норме Кодекса установлен исчерпывающий перечень доходов, которые не включаются в налоговую базу по налогу на прибыль. В их число входят и доходы в виде имущества, полученного российской организацией безвозмездно от физического лица, если ее уставный капитал более чем на 50% состоит из вклада этого гражданина. При этом полученное имущество не признается доходом для целей налогообложения только в том случае, если в течение одного года со дня его получения указанное имущество (за исключением денежных средств) не передается третьим лицам. Такой порядок прописан в подп. 11 п. 1 ст. 251 НК РФ.
Казалось бы, что из дословного прочтения названных норм Кодекса в рассматриваемой ситуации компания должна включить в состав внереализационных доходов средства, безвозмездно полученные от учредителя. Ведь его доля в уставном капитале организации составляет менее 50%. Значит, условие, установленное в подп. 11 п. 1 ст. 251 НК РФ, не выполняется.
Но выход есть. Для того чтобы не платить налог на прибыль с полученных средств, нужно воспользоваться другой нормой ст. 251 НК РФ, а именно — подп. 3.4 п. 1. В нем сказано, что от налогообложения освобождены доходы в виде имущества, имущественных прав или неимущественных прав в размере их денежной оценки, которые переданы хозяйственному обществу в целях увеличения чистых активов, в том числе путем формирования добавочного капитала, соответствующими участниками.
Таким образом, если целью безвозмездной передачи учредителем денежных средств является увеличение чистых активов компании, то облагаемого налогом на прибыль дохода не возникает. Именно такой позиции придерживаются и налоговые органы (письмо ФНС России от 22.11.2012 № ЕД-4-3/19653).