Нет, вы не должны подавать никаких уточненных деклараций после окончания выездной налоговой проверки. Компания вправе подать уточненную декларацию, если она самостоятельно обнаружила в первичной отчетности искажения или ошибки, повлекшие излишнюю уплату налога в бюджет, и обязана это сделать, если в результате таких искажений и ошибок налоговые обязательства оказались заниженными. Это следует из положений п. 1 ст. 81 НК РФ. Получается, что налоговое законодательство не предусматривает подачи уточненок по нарушениям, выявленным в ходе проверки. На это в своем письме от 21.11.2012 № АС-4-2/19576 обращают внимание специалисты ФНС России.
Такой подход нашел свое отражение в порядках заполнения деклараций по конкретным налогам. Так, в порядках заполнения деклараций по НДС и по налогу на прибыль (утверждены приказами Минфина России от 15.10.2009 № 104н и ФНС России от 22.03.2012 № ММВ-7-3/174 соответственно) прямо сказано, что при перерасчете компанией сумм налогов не учитываются результаты проверок, проведенных инспекцией за тот период, по которому производится перерасчет.
Отсюда следует, что предложение инспекции внести необходимые исправления в документы бухгалтерского и налогового учета, содержащиеся в резолютивной части решения, выносимого по результатам проверки, не означает возникновения у организации обязанности подать уточненки и не должно формулироваться таким образом. Нужно учитывать, что декларации не относятся к документам налогового учета, а представляют собой заявления хозяйствующего субъекта об объектах налогообложения, полученных доходах, произведенных расходах и других данных, служащих основанием для исчисления и уплаты конкретных налогов (п. 1 ст. 80 НК РФ).