На наш взгляд, не вправе. И вот почему.
По общему правилу вычетам подлежат суммы НДС, предъявленные налогоплательщику и уплаченные им при приобретении товаров (работ, услуг) на территории РФ. При этом документом, служащим основанием для применения вычета, является выставленный продавцом счет-фактура (п. 1 ст. 169 НК РФ).
В рассматриваемой ситуации речь идет о возмещении арендодателю стоимости утерянного по вашей вине оборудования, то есть о компенсации ему причиненного ущерба, а не о приобретении услуги.
Напомним, что возврат имущества по окончании договора аренды — прямая обязанность арендатора. Если же имущество не было возвращено, то арендодатель вправе потребовать внесения арендной платы за все время просрочки. А в случае, когда указанная плата не покрывает причиненных убытков, арендодатель может потребовать их возмещения. Когда договором предусмотрена неустойка, убытки могут быть взысканы в полной сумме сверх неустойки (ст. 622 ГК РФ).
Выплаченную арендодателю сумму возмещения, по сути, можно сравнить с оплатой неустойки — одним из способов обеспечения обязательств по договору, при котором должник обязан уплатить кредитору определенную законом или договором денежную сумму в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательств (ст. 329 и 330 ГК РФ). Поскольку утерянное при транспортировке оборудование вернуть собственнику уже не получится, можно говорить о том, что компания не смогла исполнить свои законные обязательства.
Как видим, спорную сумму нельзя назвать оплатой за оказанную услугу. Ведь она является не частью цены договора, а платится сверх нее с целью покрыть убытки арендодателя. Ввиду отсутствия реализации — объекта обложения НДС, в данном случае арендодатель ошибочно выставил счет-фактуру на сумму возмещения (постановление президиума ВАС РФ от 05.02.2008 № 11144/07). А это значит, что даже при наличии такового для принятия к вычету спорной суммы НДС основания отсутствуют.
Такой вывод подтверждается и судебной практикой. Так, ФАС Западно-Сибирского округа в постановлении от 25.07.2011 по делу № А75-9034/2010 признал правомерным отказ инспекторов налогоплательщику в применении вычета по НДС, отметив, что выплаты за нарушение условий договора, произведенные по выставленному счету-фактуре, не формируют стоимость работ.