Да, имущественный вычет получить можно. Значение имеет статус помещения в момент, когда возникло право на получение вычета.
Подпунктом 2 п. 1 ст. 220 НК РФ предусмотрено право налогоплательщика на получение имущественного налогового вычета в сумме фактически произведенных расходов, в частности, на приобретение на территории Российской Федерации квартиры. Имущественный вычет предоставляется за тот налоговый период, в котором возникло право на его получение, или в последующие налоговые периоды.
Если в налоговом периоде имущественный налоговый вычет не может быть использован полностью, его остаток может быть перенесен на последующие налоговые периоды до полного его использования.
Минфин России в письме от 19.11.2009 № 03-04-05-01/815 разъяснил, что изменение назначения помещения не отменяет факта осуществления расходов по приобретению квартиры. При этом Кодексом не устанавливается право налогоплательщика на получение остатка имущественного налогового вычета в последующих налоговых периодах до полного его использования в зависимости от сохранения статуса этого имущества как жилого помещения в каждом налоговом периоде, за который предоставляется имущественный налоговый вычет.
Следовательно, если в налоговом периоде имущественный налоговый вычет не может быть использован полностью, то оставшаяся часть имущественного налогового вычета может быть предоставлена налогоплательщику в последующие налоговые периоды независимо от того, что в эти периоды жилое помещение переведено в нежилое помещение (см. также письмо УФНС России по г. Москве от 29.10.2010 № 20-14/4/114007@).