Нет, налоговики не вправе были штрафовать вашу компанию. И вот почему.
Подпунктом 5 п. 1 ст. 23 НК РФ (как в действующей редакции, так и в редакции, действовавшей до 1 января 2013 г.) обязанность по представлению в налоговую инспекцию бухгалтерской отчетности установлена в отношении всех организаций, за исключением тех, которые не обязаны вести бухгалтерский учет.
Ваша организация представила отчетность за 2012 г., то есть за период, когда действовал старый закон о бухгалтерском учете — Федеральный закон от 21.11.96 № 129-ФЗ. Этот закон освобождал компании на упрощенной системе налогообложения от ведения бухгалтерского учета (кроме учета основных средств и нематериальных активов) (п. 3 ст. 4).
Таким образом, вы не обязаны были сдавать в налоговую инспекцию баланс и отчет о прибылях и убытках. Соответственно, и штрафные санкции за нарушение сроков предоставления баланса к вам применены быть не могут (письмо ФНС России от 15.07.2009 № ШС-22-3/566@).
Действующий с 1 января 2013 г. Федеральный закон от 06.12.2011 № 402-ФЗ «О бухгалтерском учете» в части обязанности по ведению бухгалтерского учета не делает исключений для организаций на упрощенной системе налогообложения. Следовательно, начиная с отчетного периода за 2013 г. вы должны будете сдавать в налоговую бухгалтерскую отчетность в общем порядке. Это подтверждают и чиновники (письмо Минфина России от 27.03.2013 № 03-11-11/117).