Журнал учета счетов-фактур и книгу продаж вашей компании вести необходимо, а книгу покупок можно не оформлять.
При предоставлении на территории РФ органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов РФ и муниципального имущества арендаторы указанного имущества признаются налоговыми агентами по НДС. Они определяют налоговую базу по НДС, исходя из суммы арендной платы с учетом налога, исчисляют налог, удерживают его из доходов, уплачиваемых арендодателю, и перечисляют в бюджет (п. 3 ст. 161 НК РФ). Обязанности налоговых агентов должны исполнять и компании, применяющие упрощенную систему налогообложения (п. 5 ст. 346.11 НК РФ).
В Кодексе прямо сказано об обязанности налоговых агентов выставлять счета-фактуры (п. 3 ст. 168 НК РФ). А вот про журнал учета счетов-фактур, книги покупок и продаж говорится только, что вести их должны плательщики НДС (п. 3 ст. 169 НК РФ).
Вместе с тем необходимо учитывать и требования постановления Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 «О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость» (далее — постановление № 1137). Из него следует, что налоговые агенты по НДС, не являющиеся плательщиками этого налога, должны вести часть 1 журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур («Выставленные счета-фактуры») в тех налоговых периодах, в которых они регистрируют соответствующие счета-фактуры (п. 2, 7 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, утвержденных постановлением № 1137). Кроме того, выставленные налоговыми агентами счета-фактуры должны регистрироваться в книге продаж (п. 3 Правил ведения книги продаж, утвержденных постановлением № 1137).
Таким образом, в вашем случае имеет смысл вести и журнал учета, и книгу продаж. Иначе есть риск, что налоговики на проверке приравняют эти документы к регистрам налогового учета и за их отсутствие оштрафуют вашу компанию на 10 000 руб. (ст. 120 НК РФ).
С нашей точки зрения, у компании есть неплохие шансы отменить такой штраф в суде. В статье 120 НК РФ не сказано, какие именно документы являются регистрами налогового учета. В главе 21 НК РФ и постановлении № 1137 журнал учета счетов-фактур и книга продаж также не называются регистрами налогового учета. Это понятие раскрывается только в ст. 314 НК РФ. В ней под аналитическим регистром налогового учета понимается сводная форма систематизации данных налогового учета за отчетный (налоговый) период, сгруппированных в соответствии с требованиями главы 25 НК РФ, без распределения (отражения) по счетам бухгалтерского учета. При этом под налоговым учетом в ст. 313 НК РФ понимается система обобщения информации для определения налоговой базы по налогу на прибыль на основе данных первичных документов.
Из сказанного можно сделать вывод, что журнал учета счетов-фактур и книга продаж не являются регистрами налогового учета, так как используются исключительно в целях исчисления НДС. А значит, за их отсутствие компанию оштрафовать нельзя.
Но судебная практика по этому вопросу не сложилась, поэтому сложно сказать, чью сторону займут арбитры.
Что касается книги покупок, вам ее оформлять не требуется. Налоговые агенты по НДС, арендующие муниципальное имущество, отражают в книге покупок счета-фактуры, составленные и зарегистрированные в книге продаж, в целях определения суммы налога, предъявляемой к вычету (п. 23 Правил ведения книги покупок, утвержденных постановлением № 1137). Но право на такой вычет есть только у налоговых агентов, которые одновременно являются плательщиками НДС (п. 3 ст. 171 НК РФ). Ваша компания таковой не является, она включает агентский НДС в расходы (п. 2 ст. 346.11, подп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). А раз нет вычетов — нет и необходимости вести книгу покупок. Косвенно это подтверждается письмом ФНС России от 29.04.2013 № ЕД-4-3/7895@. Правда, в нем речь идет о компаниях, освобожденных от обязанностей налогоплательщика НДС, а не о налоговых агентах по НДС на «упрощенке». Но аргументация налоговиков подходит и для вашей ситуации: поскольку организация не имеет права на вычет НДС, она может не вести книгу покупок.