По нашему мнению, организация, перечисляющая в бюджет арендную плату за право пользования муниципальной землей, не является налоговым агентом по НДС. Соответственно, в вашей ситуации не требуется составлять счета-фактуры на сумму арендной платы, вести журнал учета и книгу продаж, а также представлять декларацию по НДС. Обоснование следующее.
Организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, в том числе по НДС (п. 5 ст. 346.11 НК РФ).
Согласно п. 3 ст. 161 НК РФ при предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база по НДС определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
Но подпункт 17 п. 2 ст. 149 НК РФ освобождает от обложения НДС платежи в бюджеты за право пользования природными ресурсами, взимаемые с организаций государственными органами, органами местного самоуправления, иными уполномоченными органами и должностными лицами. А земля относится к природным ресурсам (ст. 9 Конституции РФ, п. 3 ст. 129 ГК РФ). Следовательно, арендная плата за право пользования земельным участком, находящимся в государственной или муниципальной собственности, не облагается НДС. Компания-арендатор подобного участка не должна исчислять за арендодателя (в вашем случае — Комитет по управлению муниципальным имуществом) налог и перечислять его в бюджет. Это подтверждают чиновники (письма Минфина России от 18.10.2012 № 03-07-11/436, от 01.02.2011 № 03-07-11/21, от 02.04.2010 № 03-07-11/90).
Есть мнение, что отсутствие «агентского» НДС не снимает с такой компании другие обязанности налогового агента. А именно, обязанности по выставлению счетов-фактур, ведению журнала их учета, книг покупок и продаж, а также представлению декларации (п. 3 ст. 168, п. 3 ст. 169, п. 5 ст. 174 НК РФ). Значит, эта компания должна выставлять на сумму платы за право пользования землей счета-фактуры с пометкой «Без НДС», регистрировать их в книгах продаж и покупок, а также представлять декларацию по НДС, в которой сумму платы отражать в составе операций, не подлежащих налогообложению (письма УФНС России по г. Москве от 27.03.2007 № 19-11/28227 и от 05.10.2006 № 19-11/87962).
Мы считаем, что данный подход не соответствует нормам НК РФ. Согласно п. 1 ст. 24 НК РФ налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с Налоговым кодексом возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему Российской Федерации. При этом из п. 3 ст. 168 НК РФ следует, что налоговые агенты, указанные в п. 2 и 3 ст. 161 НК РФ, составляют счета-фактуры при исчислении суммы налога.
Но плата за право пользования государственными (муниципальными) земельными участками освобождена от НДС. Поэтому государственные и муниципальные власти (арендодатели) не являются в отношении этих сумм налогоплательщиками НДС, а арендаторы — налоговыми агентами по данному налогу. Соответственно, последние не должны выставлять счета-фактуры на сумму арендной платы, вести журнал учета счетов-фактур, книги покупок и продаж и сдавать декларацию по НДС.
Судебная практика по данному вопросу не сложилась. Официальных разъяснений Минфина России тоже нет. Вместе с тем косвенно правомерность нашей позиции подтверждают письма чиновников, касающиеся исполнения компаниями обязанностей налоговых агентов по НДФЛ.
Специалисты Минфина уже не раз подтверждали, что организация, выплачивающая физическим лицам доходы, освобожденные от НДФЛ, не является налоговым агентом, а потому не должна отражать данные суммы в справках 2-НДФЛ (письма от 08.05.2013 № 03-04-06/16327, от 05.09.2011 № 03-04-06/1-202, от 07.02.2011 № 03-04-06/6-18, от 04.04.2007 № 03-04-06-01/109). Рассуждения, приведенные в данных разъяснениях, применимы и для вашей ситуации. Чиновники указывают, что компания становится налоговым агентом только при выплате налогоплательщику дохода, облагаемого налогом. Если же доход освобожден от налогообложения, то организация — источник этого дохода не может быть признана налоговым агентом и не должна выполнять его обязанности по исчислению налога и представлению отчетности.
Добавим, что с 1 января 2014 г. налогоплательщики действительно не должны выставлять счета-фактуры, вести журнал учета счетов-фактур, книги продаж и покупок при осуществлении операций, освобожденных от НДС на основании ст. 149 НК РФ (подп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ в редакции Федерального закона от 28.12.2013 № 420-ФЗ «О внесении изменений в статью 27.5-3 Федерального закона „О рынке ценных бумаг и части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации»). Но, как мы уже сказали, ваша организация не должна была этого делать и в прошлом году. Так что изменения, внесенные в Кодекс, в данном случае не играют роли.