Вы напрасно сомневаетесь. На суммы возмещаемых вам штрафных санкций НДС не начисляется.
В соответствии с п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения по НДС, в частности, признается: реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ, в том числе на безвозмездной основе, а также передача имущественных прав; передача на территории РФ товаров (выполнение работ, оказание услуг) для собственных нужд, расходы на которые не принимаются к вычету (в том числе через амортизационные отчисления) при исчислении налога на прибыль организаций; выполнение строительно-монтажных работ для собственного потребления.
При этом согласно подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы, полученные в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).
Пунктом 1 ст. 39 НК РФ предусмотрено, что реализацией товаров, работ или услуг организацией или индивидуальным предпринимателем признается соответственно передача на возмездной основе (в том числе обмен товарами, работами или услугами) права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных НК РФ, передача права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу на безвозмездной основе.
В рассматриваемой ситуации компания является заказчиком и, следовательно, не осуществляет по отношению к субподрядчику никаких операций по реализации. Таким образом, объекта обложения НДС при получении (в данном случае через зачет взаимных требований) от субподрядчика суммы возмещения расходов по уплате штрафа, наложенного ОАТИ, не возникает.
Косвенное подтверждение такому выводу можно найти в разъяснениях контролирующих органов. Так, например, в письме ФНС России от 09.08.2011 № АС-4-3/12914@ четко разъяснено, что при получении покупателем товаров (работ, услуг) сумм штрафных санкций за ненадлежащее исполнение договора поставщиком товаров (работ, услуг), данные суммы в налоговую базу по НДС не включаются. Такие суммы для покупателя никак не связаны с расчетами по оплате товаров (работ, услуг), поэтому в такой ситуации нельзя применить положения подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ.
Кроме того, п. 1 ст. 15 ГК РФ предусмотрено, что лицо, право которого нарушено, может требовать полного возмещения причиненных ему убытков, если законом или договором не предусмотрено возмещение убытков в меньшем размере. При этом согласно п. 2 ст. 15 ГК РФ под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).
Исходя из изложенного, можно сделать вывод, что расходы компании по уплате штрафа ОАТИ являются для нее убытками, так как они понесены вследствие нарушений, допущенных субподрядчиком.
В свою очередь возмещение убытков (и ответственность за нарушение обязательств в целом) не поименовано в ст. 39 НК РФ. Следовательно, суммы возмещения убытков, уплаченные субподрядчиком компании, не подлежат обложению НДС.
Такая позиция находит подтверждение в арбитражной практике. Так, в постановлении ФАС Московского округа от 10.05.2011 № КА-А40/4463-11 сделал вывод, что перечисление денежных средств подрядчиком согласно выставленной заказчиком претензии является не реализацией товаров (работ, услуг), а возмещением понесенных заявителем по вине такого подрядчика расходов (убытков), в связи с чем в данном случае объекта налогообложения по НДС не возникает.
Таким образом, при удержании из вознаграждения субподрядчика за выполненные услуги суммы штрафа ОАТИ дополнительно к сумме штрафа в размере 50 000 руб. НДС удерживать не следует.