Единого мнения на этот счет нет. Так, некоторые суды полагают, что трехлетний срок оканчивается 20-го числа месяца, следующего за последним налоговым периодом, в котором истекает трехлетний срок. Например, ФАС Западно-Сибирского округа в постановлении от 29.01.2013 № А81-896/2012 (Определением ВАС РФ от 21.06.2013 № ВАС-6928/13 отказано в передаче дела на пересмотр) указал, что право на применение налогового вычета, возникшее в IV квартале 2006 г., могло быть реализовано компанией в течение трех лет, то есть до 20 января 2010 г. Исходя из положений ст. 166 НК РФ понятие «налоговый период» связано не с моментом, в котором применяются налоговые вычеты, а с периодом, за который определяется налоговая база для целей уплаты упомянутого налога по операциям реализации.
Другие суды исходят из того, что соответствующим налоговым периодом, который упоминается в п. 2 ст. 173 НК РФ, является период, в котором у налогоплательщика возникло право на вычет. Поэтому трехлетний срок является пресекательным и не может быть продлен на 20 дней, предусмотренных п. 5 ст. 174 НК РФ для подачи декларации по НДС (постановление ФАС Московского округа от 02.10.2013 № А40-143325/12-140-1056 (Определением ВАС РФ от 17.01.2014 № ВАС-19509/13 отказано в передаче дела на пересмотр)).
Отсутствие единого подхода к решению данного вопроса продемонстрировано и в деле, рассмотренном ФАС Московского округа (постановление от 14.03.2014 № Ф05-1660/2014). В нем суды первой и апелляционной инстанций признали право компании на возмещение сумм НДС, заявленных в налоговой декларации за III квартал 2012 г., представленной в пределах установленного срока, по счетам-фактурам за III
квартал 2009 г. Они указали, что подача первоначальной налоговой декларации за прошедший налоговый период, в том числе если в ней заявляется к возмещению НДС за отстоящий на три года период, должна осуществляться в установленный п. 5 ст. 174 НК РФ срок, а не до истечения налогового периода, как это предлагает делать инспекция. По мнению суда первой инстанции, верность этой позиции подтверждается выводами, сделанными в постановлениях ФАС Московского округа от 22.03.2013 № А40-3 8523/12-107-201, от 25.05.2012 № А40-86142/11-99-391. Однако кассационный суд (постановление ФАС Московского округа от 14.03.2014 № Ф05-1660/2014) отметил, что п. 2 ст. 173 НК РФ прямо предусмотрено, что налогоплательщик должен подать декларации с отраженными в них вычетами до истечения трех лет с момента наступления соответствующего налогового периода. Налоговым периодом в отношении НДС является квартал, в связи с чем с учетом п. 4 ст. 6.1 НК РФ срок подачи такой декларации истекает в последний день последнего месяца срока — 30 сентября 2012 г.
Позиция ФНС России по данному вопросу не в пользу налогоплательщиков. В письме от 09.07.2014 № ГД-4-3/13341@ специалисты налогового ведомства рассмотрели следующую ситуацию. Компания реализовала товары на экспорт в I квартале 2009 г. По истечении 180 календарных дней, считая с даты выпуска товаров таможенными органами в таможенной процедуре экспорта, она не собрала пакет документов, предусмотренных п. 1 ст. 165 НК РФ, в связи с чем представила в налоговый орган уточненную налоговую декларацию по НДС за I квартал 2009 г. В ней компания отразила сумму НДС, исчисленную по операции реализации товаров на экспорт, обоснованность применения налоговой ставки 0% по которой документально не подтверждена. Пакет документов, предусмотренный п. 1 ст. 165 НК РФ, компания собрала только в I квартале 2012 г. Сумму налога, исчисленную за I квартал 2009 г. по неподтвержденному экспорту, она отразила к возмещению в налоговой декларации по НДС за I квартал 2012 г., представленной 20 апреля 2012 г.
Налоговики обратили внимание на сделанный в постановлении Президиума ВАС РФ от 19.05.2009 № 17473/08 вывод о том, что указание в п. 2 ст. 173 НК РФ на соответствующий налоговый период по операциям ранее не подтвержденного экспорта означает тот налоговый период, за который определена налоговая база и исчислен налог, заявленный к вычету. В рассматриваемом случае таким налоговым периодом являлся I квартал 2009 г.
Из Определения ВАС РФ от 23.03.2010 № 1199/10 следует, что вышеуказанный трехлетний срок является пресекательным и не подлежит продлению на 20 дней, предусмотренных п. 5 ст. 174 НК РФ для подачи налоговой декларации в налоговые органы. Поэтому сумма налога, ранее исчисленная в I квартале 2009 г. в связи с отсутствием документов, предусмотренных п. 1 ст. 165 НК РФ, по операции реализации товаров, вывезенных в таможенной процедуре экспорта, могла быть заявлена компанией к вычету в налоговой декларации по НДС, представленной не позднее 31 марта 2012 г., при условии представления в налоговый орган пакета документов, предусмотренных п. 1 ст. 165 НК РФ.
Итак, исходя из разъяснений налоговиков, декларацию нужно представить до окончания последнего налогового периода, в котором истекает трехлетний срок. Получается, что, если, как в рассматриваемой в письме ситуации, право на вычет появилось только в этом последнем налоговом периоде, декларацию за этот период нужно подать до его окончания. Но вряд ли налоговики ее примут. Ведь общая сумма налога исчисляется по итогам каждого налогового периода (п. 4 ст. 166 НК РФ), то есть после его окончания.
В таком случае остается одно — обращаться в суд.