Ограничения на применение организацией упрощенной системы налогообложения приведены в п. п. 2 и 3 ст. 346.12 НК РФ. В частности, согласно пп. 14 п. 3 этой статьи не вправе применять УСН организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%. Данное ограничение не распространяется, в частности, на некоммерческие организации, в том числе на организации потребительской кооперации, осуществляющие свою деятельность в соответствии с Законом РФ от 19.06.1992 N 3085-1 "О потребительской кооперации (потребительских обществах, их союзах) в Российской Федерации" (далее - Закон).
Исходя из системного анализа пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ, Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ "О некоммерческих организациях" (далее - Закон о НО) и Закона фрагмент нормы, в котором указаны организации, на которых не распространяется ограничение, установленное пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ, необходимо понимать следующим образом.
Данное ограничение не распространяется на все некоммерческие организации, в том числе организации потребительской кооперации, осуществляющие свою деятельность в соответствии с Законом.
Из п. 3 ст. 2 Закона о НО следует, что автономная некоммерческая организация является одной из форм некоммерческих организаций. Поэтому на нее также не распространяется ограничение, установленное пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ. Следовательно, то обстоятельство, что одним из учредителей АНО является организация, доля которой превышает барьер в 25%, не является препятствием для применения данной организацией упрощенной системы налогообложения.
Поскольку вы упомянули о том, что АНО занимается исключительно коммерческой деятельностью, рассмотрим и данный аспект проблемы.
Согласно п. 3 ст. 50 ГК РФ некоммерческие организации могут осуществлять предпринимательскую деятельность лишь постольку, поскольку они служат достижению целей, ради которых созданы, и соответствуют этим целям.
А п. 2 ст. 10 Закона о НО установлено, что автономная некоммерческая организация вправе осуществлять предпринимательскую деятельность, соответствующую целям, для достижения которых она создана.
Особо отметим, что положения пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не связывают каким-либо образом нераспространение на некоммерческие организации указанных в данном подпункте ограничений с тем, занимаются они предпринимательской деятельностью или же не осуществляют ее. Поэтому то обстоятельство, что АНО занимается предпринимательством, не является основанием для применения к ней обсуждаемых ограничений.
Следует отметить, что ранее действовавшая редакция пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не оговаривала, что обсуждаемые ограничения не распространяются на некоммерческие организации. Однако суды признавали право АНО на применение упрощенной системы налогообложения в случаях, когда их учредителями являлись организации.
Так, Президиум ВАС РФ в Постановлении от 12.10.2004 N 3114/04 обосновал свою позицию по данному вопросу, указав, в частности, следующее. Закон о НО не предусматривает возможность определения долей учредителей при учреждении некоммерческих организаций, не определяет размер доли, вносимой каждым из учредителей в стоимостном виде. Создание таких организаций не влечет формирования уставного капитала. В связи с этим понятие "доля непосредственного участия" к ним не может быть применено.
Отвечая на второй вопрос, следует обратить особое внимание на то, что согласно пп. 15 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не вправе применять УСН организации и индивидуальные предприниматели, средняя численность работников которых за налоговый (отчетный) период, определяемая в порядке, установленном федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек. Вы не упомянули, в частности, о том, какая средняя численность работников, определяемая в указанном порядке, будет у организации за налоговый (отчетный) период. Если она не превысит 100 человек, то организация сможет перейти на УСН при условии соблюдения порядка и требований, установленных гл. 26.2 НК РФ.