Как известно, в рамках реструктуризации бюджетного сектора введен новый тип государственного (муниципального) учреждения - автономное учреждение (Федеральный закон от 03.11.2006 N 174-ФЗ "Об автономных учреждениях").
Автономное учреждение - это некоммерческая организация, созданная Российской Федерацией (субъектом РФ или муниципальным образованием). Такое учреждение организуется для выполнения работ (услуг) в области науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта. Основным видом деятельности автономного учреждения является бесплатное или частично платное оказание услуг по заданию учредителя.
Финансирование указанной деятельности осуществляется из соответствующего бюджета в форме субвенций, субсидий, государственных внебюджетных фондов и иных источников. Автономное учреждение имеет право оказывать платные услуги в рамках своей основной деятельности сверх объемов заданий учредителя.
Минфин России в Письме от 23.01.2008 N 03-07-07/03 разъяснил, что услуги, оказываемые автономным учреждением, подлежат обложению НДС в общеустановленном порядке, причем независимо от источника финансирования.
Субсидии, получаемые автономным учреждением из бюджета в связи с оказанием им услуг, должны включаться в налоговую базу по НДС, так как эта налоговая база увеличивается на суммы, полученные в счет увеличения доходов, в качестве оплаты за реализованные товары (работы, услуги).