В Письме от 29.04.2008 N 01-СШ/30 Минфин России разъяснил, что деятельность бюджетных учреждений по сдаче в аренду имущества, находящегося в федеральной собственности и переданного бюджетным учреждениям в оперативное управление, относится к коммерческой (приносящей доход) деятельности. Следовательно, такая деятельность бюджетных учреждений облагается налогом на прибыль.
Как известно, доходы от сдачи в аренду федерального имущества, переданного в оперативное управление бюджетным учреждениям, зачисляются в полном объеме до уплаты налогов на балансовый счет 40101 "Доходы, распределяемые органами Федерального казначейства между уровнями бюджетной системы Российской Федерации". Минфин указал территориальным органам Федерального казначейства, что они должны принимать к исполнению платежные поручения бюджетных учреждений на уплату налога на прибыль с указанных доходов за счет средств на балансовом счете 40101.
В связи с отсутствием до настоящего времени механизма, обеспечивающего реализацию положений Бюджетного кодекса РФ, и законодательства о налогах и сборах в этой области у бюджетных учреждений нарастают суммы пеней за неуплату налога на прибыль с указанных выше операций. Минфин считает, что в этой ситуации не следует привлекать бюджетные учреждения к ответственности за накопленную ранее недоимку.