Действительно, освобождается от налогообложения реализация на территории Российской Федерации услуг в сфере образования по проведению некоммерческими образовательными организациями учебно-производственного (по направлениям основного и дополнительного образования, указанным в лицензии) или воспитательного процесса, за исключением консультационных услуг, а также услуг по сдаче в аренду помещений (пп. 14 п. 2 ст. 149 НК РФ).
Тем не менее лицей обязан удерживать НДС из арендной платы и уплачивать его в бюджет.
Операции по сдаче имущества в аренду являются объектом обложения НДС независимо от статуса арендодателя и принадлежности имущества (ст. 146 НК РФ). Но порядок налогообложения аренды государственного и муниципального имущества имеет свои особенности.
В силу п. 3 ст. 161 НК РФ при предоставлении на территории Российской Федерации органами местного самоуправления в аренду муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом НДС. При этом налоговая база определяется отдельно по каждому арендованному объекту налоговым агентом, которым признается арендатор указанного имущества.
Обязанности налогового агента, предусмотренные ст. 161 НК РФ, распространяются не только на плательщиков НДС, в том числе освобожденных от уплаты налога (как лицей), но и на неплательщиков НДС (например, применяющих УСН, ЕНВД или ЕСХН).
Следовательно, лицей признается налоговым агентом по уплате НДС и обязан исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму НДС.