Да, можно. Вы не обязаны в этом случае платить НДС "из своего кармана" - в гл. 21 НК РФ не содержится положений, обязывающих плательщиков НДС уплачивать в бюджет не предъявленный покупателям налог за счет собственных средств.
К сведению! Если по итогам отчетного (налогового) периода доходы организации, применяющей УСН, превысили 20 млн руб., она утрачивает право на применение этого спецрежима с начала того квартала, в котором допущено указанное превышение. Причем такая организация освобождается от ответственности за несвоевременную уплату налогов по общей системе налогообложения (п. 4 ст. 346.13 НК РФ).
Что касается Письма ФНС России от 08.02.2007 N ММ-6-03/95, то ситуация в нем рассмотрена иная. Продавец заранее не предполагал, что он потеряет право на применение упрощенной системы налогообложения. И узнав только в конце квартала о потере этого права, захотел выставить с учетом НДС счета-фактуры, относящиеся к отгрузкам начала и середины квартала.
То есть речь шла о выставлении счетов-фактур через длительное время после отгрузки.
Разумеется, тем самым налогоплательщик нарушил норму о порядке выставления счетов-фактур (п. 3 ст. 168 НК РФ).
А именно при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав счета-фактуры выставляются не позднее пяти дней, считая со дня отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) или со дня передачи имущественных прав.
Иной, более длительный срок выставления счетов-фактур гл. 21 НК РФ не предусмотрен.
В этом Письме налоговики делают вывод, что организация, перешедшая с 2006 г. на общий режим в связи с невыполнением условий для применения УСН, не вправе выставить покупателям счета-фактуры по товарам, отгруженным в октябре - ноябре 2005 г. (за исключением случаев, когда пятидневный срок выставления истекает в декабре).
Такая же позиция изложена в Письме Минфина России от 09.01.2007 N 03-04-15/01.
По нашему мнению, с этим выводом можно поспорить. В Налоговом кодексе РФ нет норм, запрещающих налогоплательщику предъявить покупателю НДС к уплате и выставить счет-фактуру, если он не сделал этого своевременно. И нет норм, обязывающих в этом случае налогоплательщика уплачивать НДС за счет собственных средств.
Вашей организации этот вывод тем более применять не стоит, так как вы уже знаете о грядущей потере права на "упрощенку" и хотите заранее (с начала квартала) относить свою фирму к плательщикам НДС, выставляя покупателям счета-фактуры.
В силу п. 5 ст. 173 НК РФ, если лицо, не являющееся плательщиком НДС, выставит покупателю счет-фактуру с выделением суммы налога, оно обязано исчислить НДС и уплатить его в бюджет. При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг). Тогда по итогам соответствующего месяца такой неплательщик НДС обязан будет представить налоговую декларацию по НДС в обычном порядке (п. 5 ст. 174 НК РФ).
Правда, в силу положений ст. 171 НК РФ у лица, не являющегося плательщиком НДС, нет права на вычеты "входного" НДС.
В связи с изложенным, по нашему мнению, вы можете с начала июля выставлять покупателям счета-фактуры с НДС. По завершении сентября (до 20 октября) вам следует представить декларацию по НДС за III квартал, отразив в ней вычеты сумм "входного" налога.
Арбитражная практика
В Постановлении ФАС Поволжского округа от 30.05.2007 N А12-14123/06-С29 рассмотрен случай, когда предприниматель, узнав о превышении лимита выручки, сразу стал исправлять ранее выданные без НДС счета-фактуры, указывая в них НДС.
Суд признал это вполне правомерным.
В Постановлениях ФАС Западно-Сибирского округа от 03.10.2006 N Ф04-6793/2006(27360-А45-7), Поволжского округа от 30.05.2007 N А12-14123/06-С29 сделан вывод о правомерности предъявления "входного" НДС к вычету с запозданием на несколько месяцев в связи с потерей права налогоплательщика на применение УСН.