Нет, не должна.
Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения обособленного подразделения (п. 2 ст. 89 НК РФ).
Согласно п. 1 ст. 101 НК РФ акт и другие материалы налоговой проверки, в ходе которой были выявлены нарушения законодательства о налогах и сборах, а также представленные проверяемым лицом (его представителем) письменные возражения по указанному акту должны быть рассмотрены руководителем (заместителем руководителя) налогового органа, проводившего проверку, и решение по ним должно быть принято в течение 10 дней со дня истечения срока, указанного в п. 6 ст. 100 НК РФ.
Таким образом, к материалам проверки, по результатам рассмотрения которых принимается решение налогового органа, относится и акт налоговой проверки.
Если лицо, в отношении которого проводилась проверка, или его представитель уклоняются от получения акта налоговой проверки, этот факт отражается в этом акте и он направляется по почте заказным письмом по месту нахождения организации (обособленного подразделения) или по месту жительства физического лица (п. 5 ст. 100 НК РФ). Следовательно, акт выездной налоговой проверки обособленного подразделения направляется по месту нахождения этого подразделения.
Копия решения налогового органа вручается лицу, в отношении которого вынесено указанное решение, или передается иным способом (п. 13 ст. 101 НК РФ). Кроме того, пп. 9 п. 1 ст. 32 НК РФ установлено, что налоговые органы обязаны направлять налогоплательщику, плательщику сбора или налоговому агенту копии акта налоговой проверки и решения налогового органа, а также в случаях, предусмотренных Налоговым кодексом РФ, налоговое уведомление и (или) требование об уплате налога и сбора.
Таким образом, копия решения налогового органа (в отличие от акта проверки) направляется налогоплательщику по месту нахождения организации, а не по месту нахождения ее обособленного подразделения.