Организация, имеющая обособленные подразделения, уплату налога на прибыль, зачисляемого в бюджет субъекта РФ, производит по месту нахождения организации, а также по месту нахождения каждого из ее обособленных подразделений (п. 2 ст. 288 НК РФ).
Сумма налога, подлежащая уплате по месту нахождения обособленного подразделения, исчисляется исходя из доли прибыли, приходящейся на эти обособленные подразделения.
Эта доля рассчитывается как среднее арифметическое двух величин: удельного веса среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) и удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества этого обособленного подразделения в соответствующих показателях в целом по организации.
При этом остаточная стоимость амортизируемого имущества определяется в соответствии с п. 1 ст. 257 НК РФ. Согласно указанной норме остаточная стоимость основных средств представляет собой разницу между их первоначальной стоимостью и суммой амортизации, начисленной за период эксплуатации ОС в налоговом учете.
Таким образом, в расчете доли прибыли, приходящейся на обособленное подразделение, участвует остаточная стоимость амортизируемого имущества этого обособленного подразделения.
К сожалению, из текста вопроса неясно, в каком учете остаточная стоимость амортизируемого имущества обособленного подразделения равна нулю: в бухгалтерском или в налоговом.
При исчислении удельного веса прибыли берется остаточная стоимость амортизируемого имущества по данным налогового учета.
Следовательно, если основные средства обособленного подразделения полностью самортизированы в налоговом учете, то в расчет доли принимается их остаточная стоимость, равная нулю.
По основным средствам, числящимся в составе амортизируемого имущества, но по которым амортизация для целей налогообложения прибыли не начисляется (п. 2 ст. 256 НК РФ), остаточной стоимостью признается их первоначальная (восстановительная) стоимость.