Амортизации не подлежит имущество бюджетных организаций, за исключением имущества, приобретенного в связи с осуществлением предпринимательской деятельности и используемого для осуществления такой деятельности (пп. 1 п. 2 ст. 256 НК РФ).
Уплачивать авансовые платежи, а также суммы налога, подлежащие зачислению в доходную часть бюджетов субъектов РФ и бюджетов муниципальных образований, следует по месту нахождения организации, а также по месту нахождения каждого из ее обособленных подразделений исходя из доли прибыли, приходящейся на эти обособленные подразделения. Эта доля определяется как средняя арифметическая величина удельного веса среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) и удельного веса остаточной стоимости амортизируемого имущества этого обособленного подразделения соответственно в среднесписочной численности работников (расходах на оплату труда) и остаточной стоимости амортизируемого имущества, определенной в соответствии с п. 1 ст. 257 НК РФ, в целом по налогоплательщику (п. 2 ст. 288 НК РФ).
Указанные в этой норме удельный вес среднесписочной численности работников и удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества определяются исходя из фактических показателей среднесписочной численности работников (расходов на оплату труда) и остаточной стоимости основных средств указанных организаций и их обособленных подразделений за отчетный (налоговый) период.
Таким образом, удельный вес остаточной стоимости амортизируемого имущества следует определять по данным налогового учета исходя из остаточной стоимости основных средств, приобретенных за счет бюджетных средств, а также остаточной стоимости основных средств, приобретенных в связи с осуществлением предпринимательской деятельности и используемых для осуществления такой деятельности.
При этом по приобретенным за счет бюджетных средств основным средствам, которые числятся в составе амортизируемого имущества, но по которым амортизация для целей налогообложения прибыли организаций не начисляется, остаточной стоимостью признается их первоначальная (восстановительная) стоимость.