Обязанность по составлению счета-фактуры, а также по внесению соответствующей записи в книгу продаж возникает у налогоплательщика только при совершении облагаемых НДС операций (п. 3 ст. 169 НК РФ).
Безвозмездная передача имущества в общем случае подлежит обложению НДС (подп. 1 п. 1 ст. 146, п. 1 ст. 39 НК РФ). Между тем реализация жилых домов, жилых помещений, а также долей в них относится к операциям, не подлежащим налогообложению (подп. 22 п. 3 ст. 149 НК РФ). Поскольку согласно подп. 2 п. 1 ст. 16 Жилищного кодекса РФ квартира относится к жилым помещениям, при дарении работнику квартиры у организации не возникает необходимости в исчислении и уплате в бюджет НДС с ее стоимости. Следовательно, выставлять счет-фактуру и регистрировать его в книге продаж не нужно.
Что касается НДФЛ, то при определении налоговой базы по этому налогу учитываются все доходы физического лица, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со ст. 212 НК РФ (ст. 210 НК РФ). При этом организация, от которой или в результате отношений с которой такие доходы были получены, признается налоговым агентом: обязана исчислить, удержать и уплатить в бюджет соответствующую сумму НДФЛ (п. 1 ст. 226 НК РФ).
Перечень доходов, не облагаемых НДФЛ, установлен ст. 217 НК РФ и является закрытым. В частности, не подлежат налогообложению подарки, стоимость которых не превышает 4000 руб. (п. 28 ст. 217 НК РФ). Это значит, что при вручении более дорогостоящего презента (например, квартиры) налог потребуется удержать за счет любых денежных средств, выплачиваемых работнику (п. 4 ст. 226 НК РФ). В случае если удержать НДФЛ невозможно, организации следует письменно сообщить об этом как самому работнику, так и в инспекцию по месту учета (п. 5 ст. 226 НК РФ).
Заметим, что удержать налог потребуется не с полной стоимости квартиры, а с разницы между суммой, уплаченной за подарок, и суммой, указанной в п. 28 ст. 217 НК РФ (4000 руб.) (письмо УФНС РФ по г. Москве от 05.07.2010 № 20-14/4/069913).
Обратите внимание, что включение в договоры дарения условия, в соответствии с которым обязанность по уплате НДФЛ с безвозмездно передаваемой в собственность квартиры возлагается на сотрудника, не освобождает работодателя как налогового агента от обязанности своевременно исчислить, удержать и перечислить НДФЛ в бюджет либо сообщить о невозможности удержать налог (постановление ФАС Северо-Западного округа от 15.02.2013 по делу № А21-3994/2012).