При переходе налогоплательщика с упрощенной системы налогообложения на общий режим налогообложения суммы НДС, предъявленные налогоплательщику, применявшему упрощенную систему налогообложения, при приобретении им товаров (работ, услуг), которые не были включены в расходы при исчислении налоговой базы при применении упрощенной системы налогообложения, принимаются к вычету в порядке, предусмотренном главой 21 «Налог на добавленную стоимость» НК РФ для плательщиков НДС (п. 6 ст. 346.25 НК РФ).
По общему правилу плательщик НДС имеет право уменьшить общую сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 166 НК РФ, на установленные ст. 171 НК РФ налоговые вычеты (п. 1 ст. 171 НК РФ). Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг) на территории РФ, подлежат вычетам при использовании этих товаров (работ, услуг) в операциях, облагаемых НДС, при наличии счетов-фактур, выставленных продавцами, и соответствующих первичных документов (п. 2 ст. 171 и п. 1 ст. 172 НК РФ).
Таким образом, при переходе индивидуального предпринимателя с упрощенной системы налогообложения на общий режим налогообложения суммы НДС по товарам, приобретенным как для перепродажи, так и для использования в производственной деятельности, но не использованным в период применения упрощенной системы налогообложения, принимаются к вычету в порядке, предусмотренном ст. 172 НК РФ, в случае использования этих товаров для операций, подлежащих обложению налогом на добавленную стоимость. При этом право на указанные вычеты возникает у налогоплательщика в том налоговом периоде, в котором данный налогоплательщик перешел с упрощенной системы налогообложения на общий режим налогообложения.
Таким образом, а также принимая во внимание норму п. 2 ст. 173 НК РФ, указанным правом налогоплательщик может воспользоваться в течение трех лет после окончания налогового периода, в котором возникает право на налоговые вычеты.
Аналогичная позиция содержится в письме Минфина России от 22.06.2010 № 03-07-11/264.
Что касается объектов основных средств, то согласно п. 3 ст. 346.16 НК РФ расходы на приобретение основных средств в период применения упрощенной системы налогообложения принимаются в состав расходов при определении объекта налогообложения с момента ввода этих основных средств в эксплуатацию.
Таким образом, до момента ввода объектов основных средств в эксплуатацию расходы на приобретение этих объектов не включаются в состав расходов, учитываемых при определении налоговой базы по «упрощенному» налогу.
При этом порядок применения вычетов по НДС, относящемуся к основным средствам, ранее принятым в состав расходов при применении упрощенной системы налогообложения с учетом этого налога, НК РФ не предусмотрен.
В этой связи НДС, относящийся к основным средствам, приобретенным и введенным в эксплуатацию в период применения упрощенной системы налогообложения, к вычету при исчислении НДС, подлежащего уплате в бюджет, не принимается.
Аналогичная позиция содержится в письмах Минфина России от 05.03.2013 № 03-07-11/6648, от 27.06.2013 № 03-11-11/24460.
Вместе с тем в соответствии с подп. 3 п. 2 ст. 170 НК РФ в случае приобретения товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, лицами, не являющимися плательщиками НДС, суммы НДС, предъявленные им при приобретении, учитываются ими в стоимости таких товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов.
Таким образом, суммы НДС, предъявленные покупателям (в том числе индивидуальным предпринимателям), применяющим упрощенную систему налогообложения, при приобретении ими товаров (работ, услуг), учитываются в стоимости покупок.
В соответствии с п. 3 ст. 154 НК РФ при реализации имущества, подлежащего учету с учетом уплаченного НДС, налоговая база по НДС определяется как разница между ценой реализуемого имущества, исчисляемой с учетом положений ст. 105.3 НК РФ, с учетом НДС, акцизов (для подакцизных товаров), и стоимостью реализуемого имущества (остаточной стоимостью с учетом переоценок).
Учитывая изложенное, при реализации индивидуальным предпринимателем, перешедшим с упрощенной системы налогообложения на общий режим налогообложения, недвижимого имущества, приобретенного в период применения упрощенной системы налогообложения, налоговая база по НДС определяется в порядке, установленном п. 3 ст. 154 НК РФ.
Соответствующие разъяснения содержатся, в частности, в письме Минфина России от 23.09.2013 № 03-03-06/1/39374.
Кроме того, при переходе на общий режим налогообложения у указанных налогоплательщиков возникает обязанность по исчислению и уплате НДФЛ в порядке, установленном главой 23 «Налог на доходы физических лиц» НК РФ.
Письмом от 04.08.2014 № 03-11-09/38317, направленным в адрес ФНС России, Минфин России разъяснил следующее.
Налогоплательщики — индивидуальные предприниматели при исчислении налоговой базы по НДФЛ в соответствии с п. 3 ст. 210 НК РФ имеют право на получение профессиональных налоговых вычетов в сумме фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с извлечением доходов (ст. 221 НК РФ).
Состав указанных расходов, принимаемых к вычету, определяется налогоплательщиками самостоятельно в порядке, аналогичном порядку определения расходов для целей налогообложения, установленному главой 25 «Налог на прибыль организаций» НК РФ.
При реализации амортизируемого имущества налогоплательщики вправе уменьшить доходы от таких операций на остаточную стоимость амортизируемого имущества, определяемую в соответствии с п. 1 ст. 257 НК РФ (подп. 1 п. 1 ст. 268 НК РФ).
Остаточная стоимость основных средств определяется как разница между их первоначальной стоимостью и суммой амортизации, начисленной за период эксплуатации (п. 1 ст. 257 НК РФ).
При этом следует иметь в виду, что по объектам основных средств за период их использования в предпринимательской деятельности, облагаемой в рамках упрощенной системы налогообложения, амортизация не начисляется.
В связи с этим если объект недвижимости, реализованный в период применения упрощенной системы налогообложения, приобретен в период применения данного спецрежима, то, поскольку его стоимость полностью учтена в период применения упрощенной системы налогообложения в порядке, установленном подп. 1 п. 3 ст. 346.16 НК РФ, остаточная стоимость такого объекта недвижимости в целях применения п. 4 ст. 346.13 НК РФ не определяется.
В этом случае при переходе с упрощенной системы налогообложения на общий режим налогообложения в порядке, установленном п. 4 ст. 346.13 НК РФ, индивидуальный предприниматель может уменьшить доходы от реализации недвижимого имущества, приобретенного в период применения упрощенной системы налогообложения, на профессиональный налоговый вычет по НДФЛ в виде расходов на приобретение этого имущества, которые не были учтены в период применения упрощенной системы налогообложения.
Таким образом, индивидуальный предприниматель, который приобрел недвижимое имущество в период применения УСН с объектом налогообложения «доходы» и поэтому не учитывал каких-либо расходов при налогообложении, при переходе на общий режим налогообложения и реализации указанного имущества вправе при исчислении НДФЛ принять в составе профессионального налогового вычета всю сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов на приобретение недвижимого имущества, в том числе предъявленную ему при приобретении сумму НДС.