В соответствии с п. 1 ст. 105.27 НК РФ заявление о проведении налогового мониторинга представляется организацией в налоговый орган по месту нахождения данной организации не позднее 1 июля года, предшествующего периоду, за который проводится налоговый мониторинг.
Организация, в соответствии со ст. 83 НК РФ отнесенная к категории крупнейших налогоплательщиков, представляет заявление о проведении налогового мониторинга в налоговый орган по месту ее учета в качестве крупнейшего налогоплательщика.
На основании п. 4 ст. 105.27 НК РФ по результатам рассмотрения заявления о проведении налогового мониторинга и документов (информации), представленных организацией в соответствии с п. 2 ст. 105.27 НК РФ, руководитель (заместитель руководителя) налогового органа до 1 ноября года, в котором представлено заявление о проведении налогового мониторинга, принимает одно из следующих решений:
1) решение о проведении налогового мониторинга;
2) решение об отказе в проведении налогового мониторинга.
Согласно п. 2 ст. 105.26 НК РФ налоговый мониторинг проводится налоговым органом на основании решения о проведении налогового мониторинга.
Таким образом, налоговый мониторинг осуществляется налоговым органом по месту нахождения организации, в отношении которой принято решение о проведении налогового мониторинга.
Вместе с тем в настоящее время в рамках формирования компетенции по налоговому мониторингу представляется целесообразным осуществлять данную форму налогового контроля на федеральном уровне — межрегиональными инспекциями ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам.