Несмотря на то что ваша организация с 1 января 2017 г. перестает быть плательщиком налога на прибыль, при заполнении декларации за девять месяцев 2016 г. вы все равно показываете суммы платежей на I квартал следующего года. Иного действующий порядок не предусматривает.
Сумма ежемесячного авансового платежа по налогу на прибыль, подлежащего уплате в I квартале, принимается равной сумме ежемесячного авансового платежа, подлежащего уплате в последнем квартале предыдущего налогового периода (абз. 3 п. 2 ст. 286 НК РФ).
По строкам 290—310 декларации по налогу на прибыль указывается сумма ежемесячных авансовых платежей, подлежащих к уплате в квартале, следующем за отчетным периодом, за который представлена декларация. Строки 320—340 заполняются в декларации за девять месяцев, и в них указывается сумма ежемесячных авансов, подлежащих уплате в I квартале следующего налогового периода. Сумма ежемесячных авансовых платежей на I квартал принимается равной сумме ежемесячных авансовых платежей, подлежащих к уплате в IV квартале (п. 5.11 Порядка заполнения налоговой декларации по налогу на прибыль организаций, утвержденного приказом ФНС России от 26.11.2014 № ММВ-7-3/600@).
Согласно п. 1 ст. 346.13 НК РФ организация, изъявившая желание перейти на упрощенную систему налогообложения, должна уведомить об этом налоговый орган по месту своего нахождения не позднее 31 декабря. Из вопроса понятно, что уведомление организация представила в налоговую инспекцию и на его копии имеется отметка ИФНС о получении. Представление в ИФНС каких‑либо иных документов помимо уведомления при переходе с общего режима налогообложения на УСН налоговым законодательством не предусмотрено.
Даже если налоговики после перехода организации на УСН ошибочно взыщут с вас в принудительном порядке авансовые платежи по налогу на прибыль за I квартал 2017 г. и пени за дни неуплаты, потом им придется все вернуть вам обратно.
В то же время налоговое законодательство не запрещает представить в налоговую инспекцию любое поясняющее письмо (заявление, уведомление), в котором вы можете в свободной форме уведомить налоговиков о том, что организация не будет уплачивать в I квартале 2017 г. авансовые платежи по налогу на прибыль, указанные в декларации по налогу на прибыль за девять месяцев 2016 г., в связи с переходом на упрощенную систему налогообложения со следующего года.