Специалисты Минфина России считают, что в этом случае проблем быть не должно. В письме от 08.09.2017 № 03-07-09/57870 финансисты указали, что в строке 8 счета-фактуры и строке 5 корректировочного счета-фактуры указывается идентификатор государственного контракта на поставку товаров (выполнение работ, оказание услуг), договора (соглашения) о предоставлении из федерального бюджета юридическому лицу субсидий, бюджетных инвестиций, взносов в уставный капитал (при наличии). Такой порядок установлен в п. 1 Правил заполнения счета-фактуры и п. 1 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137.
Проставление прочерка в указанных строках счета-фактуры (корректировочного счета-фактуры) в случае отсутствия государственного контракта, договора (соглашения) вышеназванными Правилами не предусмотрено. Исходя из этого, финансовое ведомство пришло к выводу, что непроставление прочерка в строке 8 счета-фактуры и строке 5 корректировочного счета-фактуры в связи с отсутствием государственного контракта не может являться основанием для отказа в принятии к вычету НДС.