Согласно п. 3 ст. 161 НК РФ налоговыми агентами по НДС признаются покупатели имущества, составляющего государственную и муниципальную казну (п. 3 ст. 161 НК РФ). Они обязаны исчислить расчетным методом, удержать из выплачиваемых доходов и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
Индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, не признаются плательщиками НДС, за исключением отдельных случаев, перечисленных в п. 3 ст. 346.11 НК РФ. В редакции этой нормы, которая действует с 1 января 2018 г., в числе таких случаев указан НДС, уплачиваемый в соответствии со ст. 161 НК РФ. В старой редакции п. 3 ст. 346.11 НК РФ, которая действовала в 2017 г., ст. 161 НК РФ не упоминалась. Однако согласно п. 5 ст. 346.11 НК РФ, лица, применяющие УСН, не освобождены от исполнения обязанностей налоговых агентов, предусмотренных Налоговым кодексом. В связи с этим Минфин России в своих письмах неоднократно разъяснял, что они признаются налоговыми агентами по НДС в случаях, предусмотренных ст. 161 НК РФ (письма от 24.09.2015 № 03-07-11/54577, от 21.08.2015 № 03-07-14/48540, от 25.04.2012 № 03-07-11/124, от 30.12.2011 № 03-07-14/133).
Таким образом, индивидуальный предприниматель, применяющий УСН, который в декабре 2017 г. приобрел на аукционе муниципальное имущество, должен исчислить и уплатить в бюджет НДС. Если он не выполнит обязанности налогового агента, налоговики вправе взыскать с предпринимателя этот налог. При этом неважно, что он уплатил его в составе выкупной стоимости имущества. Это подтвердил Верховный суд РФ в Определении от 23.05.2017 № 310-КГ16-17804. В этом деле предприниматель, применяющий УСН, на основании договоров с Комитетом по управлению имуществом приобрел в собственность муниципальное имущество. Поскольку он не выполнил обязанности налогового агента, предусмотренные п. 3 ст. 161 НК РФ, налоговики доначислили предпринимателю НДС и пени. Он обратился в суд.
Суды трех инстанций пришли к выводу, что поскольку предприниматель перечислил Комитету НДС в стоимости спорного имущества, уплата им данного налога в бюджет за счет собственных средств приведет к ущемлению его прав и законных интересов в налоговых правоотношениях и нарушит принцип равного и справедливого налогообложения. Однако Верховный суд с этим не согласился.
Высшие арбитры указали, что, устанавливая специальный порядок уплаты НДС в бюджет при реализации имущества, составляющего казну муниципального образования, положения п. 3 ст. 161 НК РФ предусматривают, что у органов муниципального образования не возникает обязанности по исчислению и уплате налога. То обстоятельство, что подлежащий перечислению в бюджет НДС предприниматель уплатил Комитету в составе выкупной стоимости муниципального имущества, не освобождает его от исполнения возложенной на него НК РФ обязанности налогового агента по перечислению спорных сумм НДС в бюджет, которая до настоящего времени остается неисполненной. Уплата предпринимателем НДС в бюджет за счет собственных средств не приведет к ущемлению его прав и законных интересов в налоговых правоотношениях. Ведь, исполнив возложенную на него обязанность налогового агента, предприниматель не лишен возможности реализовать право на защиту своих интересов в рамках гражданско-правового спора с муниципальным образованием о возврате неосновательно полученных денежных средств. Поэтому вывод судов о невозможности взыскания с налогового агента не удержанной им суммы налога в рассматриваемой ситуации является неправомерным.