Сразу скажем, что вопрос о том, нужно ли восстанавливать принятый к вычету НДС по основным средствам, которые перестают использоваться в деятельности организации, является спорным.
Минфин России в письмах от 18.03.2011 № 03-07-11/61 и от 29.01.2009 № 03-07-11/22 настаивал на том, что в такой ситуации организация обязана восстановить НДС по следующим основаниям.
Подпункт 1 п. 2 ст. 171 НК РФ дает право компаниям на вычет суммы НДС по приобретенным товарам (работам, услугам), которые используются для облагаемых НДС операций. Пункты 2 и 3 ст. 170 НК РФ обязывают восстановить принятый к вычету НДС, если приобретенные товары (работы, услуги), в том числе основные средства, не используются для операций по реализации, подлежащих обложению НДС. Сумма налога, которую нужно восстановить, исчисляется исходя из остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки. При этом на основании подп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ восстановленные суммы налога учитываются в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 НК РФ.
Как показывает практика, налоговые органы на местах активно пользуются данным подходом, и если компании при досрочном списании основных средств не восстановили НДС, то инспекторы доначисляют налог. Однако суды категорически против таких действий проверяющих. Пример — постановление АС Волго-Вятского округа от 24.03.2016 № Ф01-541/2016 по делу № А11-813/2015. В этом споре компания списала с баланса основные средства в связи с их физическим и моральным износом, а также порчей. Ранее принятый к вычету НДС по таким объектам организация не восстановила. При проверке налоговики доначислили налог.
Суды отменили решение налогового органа. Они указали, что компания документально подтвердила причину списания основных средств — невозможность использования объектов в своей деятельности. Статья 170 НК РФ не предусматривает восстановление НДС в случаях списания основных средств по причине физического и морального износа. Поэтому у организации отсутствовала обязанность по восстановлению налога.
Аналогичные выводы, в том числе и в отношении списания основных средств в связи с их ликвидацией, содержатся в постановлениях АС Северо-Кавказского округа от 29.10.2014 № Ф08-7499/2014 по делу № А53-17381/2013, ФАС Западно-Сибирского округа от 26.06.2014 по делу № А27-10310/2013, от 27.08.2013 по делу № А27-19496/2012.
С позицией арбитров недавно согласились и специалисты ФНС России. В письме от 16.04.2018 № СД-4-3/7167@ налоговики пришли к выводу, что суммы НДС, ранее правомерно принятые к вычету, по приобретенным основным средствам, списываемым до окончания срока амортизации в связи с физическим и моральным износом, восстановлению не подлежат. Именно такую правовую позицию высказал ВАС РФ в решении от 23.10.2006 № 10652/06. Высшие арбитры указали, что обязанность по уплате в бюджет ранее правомерно принятых к вычету сумм НДС должна быть предусмотрена законодательством. Случаи, при которых суммы налога подлежат восстановлению, установлены в п. 3 ст. 170 НК РФ. Соответственно, в иных случаях суммы НДС восстановлению не подлежат.