В данной ситуации крайне рискованно принимать НДС к вычету по гостиничным услугам.
У чиновников позиция однозначная: НДС должен быть обязательно выделен в счете гостиницы (письма Минфина России от 26.02.2020 № 03-07-09/13555, от 19.11.2019 № 03-07-09/89156, от 30.10.2018 № 03-07-11/77701, ФНС России от 09.01.2017 № СД-4-3/2@). Обоснования следующие. Пунктом 1 ст. 172 НК РФ установлено, что вычеты сумм НДС производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при реализации товаров (работ, услуг), либо на основании иных документов, в том числе в случае осуществления указанных расходов по найму жилых помещений в период служебной командировки.
На основании п. 18 Правил ведения книги покупок, применяемой при расчетах по НДС, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 № 1137, при приобретении услуг по проезду к месту служебной командировки и обратно, а также по найму жилого помещения в период служебной командировки работников в книге покупок регистрируются заполненные в установленном порядке бланки строгой отчетности или их копии с выделенной отдельной строкой суммой НДС, выданные работнику и включенные им в отчет о служебной командировке.
Таким образом, основанием для вычета НДС, уплаченного при приобретении услуг по найму жилого помещения в период служебной командировки работников, являются счет-фактура и документы, подтверждающие фактическую уплату налога (в том числе кассовый чек с выделенной в нем суммой налога на добавленную стоимость), либо бланк строгой отчетности, оформленный на командированного сотрудника, в котором указана сумма НДС, и включенный им в отчет о служебной командировке. При этом кассовый чек не является основанием для вычета указанных сумм НДС и не подлежит регистрации в книге покупок.
В случае спора с налоговиками можно обратиться в суд, хотя сложно сказать, примет ли суд сторону налогоплательщика. Недавних судебных решений по этому поводу нет. Есть только такие, с принятия которых прошло много времени (см. постановление ФАС Волго-Вятского округа от 28.08.2006 по делу № А29-8205/2005А).