Порядок перечисления в бюджет НДФЛ организацией, которая имеет несколько обособленных подразделений в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, разъяснён в Письме Минфина России от 01.07.2010 № 03-04-06/8-138.
Если такая организация в данном муниципальном образовании поставлена на учёт в соответствии с п. 4 ст. 83 НК РФ по месту нахождения одного из своих обособленных подразделений, то НДФЛ с доходов работников всех обособленных подразделений, находящихся в этом муниципальном образовании, должен быть перечислен в бюджет по месту учёта такого обособленного подразделения. Если же организация встала на учёт в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения в данном муниципальном образовании, суммы НДФЛ с доходов работников таких обособленных подразделений должны быть перечислены в бюджет по месту учёта каждого такого обособленного подразделения.