С 1 января 2009 г. в соответствии с п. 4 ст. 161 НК РФ (в ред. Федерального закона от 26.11.2008 № 224-ФЗ) при реализации имущества организации-должника органы, организации или индивидуальные предприниматели, уполномоченные осуществлять реализацию такого имущества, признаются налоговыми агентами.
Кодексом на налоговых агентов возложена обязанность по исчислению, удержанию и уплате налогов в бюджет. Следовательно, органы, реализующие имущество должника, должны исчислить и уплатить НДС в бюджет.
Поскольку положения п. 4 ст. 161 НК РФ вступили в силу начиная с 01.01.2009, то при реализации имущества организации-должника до 01.01.2009 НДС должен был уплачиваться в бюджет собственником имущества.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 11.08.2010 № 03-07-11/353.