Средства, полученные организацией из федерального бюджета в виде взноса в уставный капитал, не следует рассматривать как средства федерального бюджета, из которых оплачивается НДС при приобретении товаров (работ, услуг).
В связи с этим суммы налога по приобретённым товарам (работам, услугам), оплачиваемым за счёт указанных средств, должны приниматься к вычету в общеустановленном порядке.
Такое мнение высказал Минфин России в Письме от 01.09.2010 № 03-07-11/375.