Если организация в целях применения заявительного порядка возмещения НДС предоставляет банковскую гарантию не одновременно с налоговой декларацией, а позже, например одновременно с заявлением о применении заявительного порядка, налоговый орган вправе принять решение об отказе в возмещении соответствующей суммы налога в заявительном порядке.
К такому выводу Минфин России приходит в Письме от 06.12.2010 № 03-07-08/355. Напомним, что ст. 176.1 НК РФ о заявительном порядке возмещения НДС вступила в силу с подачи деклараций за первый квартал 2010 года. Согласно п. 2 данной статьи одним из оснований применения такого порядка является предоставление вместе с декларацией действующей банковской гарантии. Последняя должна содержать обязательство банка на основании требования налогового органа уплатить в бюджет за налогоплательщика суммы налога, излишне полученные им (зачтённые ему) в результате возмещения налога в заявительном порядке, если решение о таком возмещении будет отменено полностью или частично.