Согласно п. 9 ст. 258 НК РФ в целях гл. 25 НК РФ амортизируемое имущество принимается на учёт по первоначальной стоимости, определяемой в соответствии со ст. 257 НК РФ, если иное не предусмотрено гл. 25 НК РФ.
Налогоплательщик имеет право включать в состав расходов отчётного (налогового) периода расходы на капитальные вложения в размере не более 10% (а в некоторых случаях 30%) первоначальной стоимости основных средств.
В случае реализации ранее чем по истечении пяти лет с момента введения в эксплуатацию основных средств, суммы расходов, включённых в состав расходов очередного отчётного (налогового) периода подлежат восстановлению и включению в налоговую базу по налогу.
Подпунктом 5 п. 3 ст. 39 НК РФ установлено, что передача имущества в пределах первоначального взноса участнику хозяйственного общества или товарищества (его правопреемнику или наследнику) при выходе (выбытии) из хозяйственного общества или товарищества, а также при распределении имущества ликвидируемого хозяйственного общества или товарищества между его участниками не признаётся реализацией товаров, работ или услуг. Учитывая, что выходящему из ООО участнику передаётся основное средство, стоимость которого превышает первоначальный взнос участника, положение подп. 5 п. 3 ст. 39 НК РФ не может быть применено.
Таким образом, расходы, включённые в состав расходов очередного отчётного (налогового) периода в соответствии с абз. 2 п. 9 ст. 258 НК РФ, подлежат восстановлению и включению в налоговую базу по налогу в том отчётном (налоговом) периоде, в котором реализуется основное средство. При этом вышеуказанные расходы подлежат восстановлению в том размере, в котором они были ранее включены в состав расходов.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 26.01.2011 № 03-03-06/1/27.